利用二代测序技术探索鼻咽癌局部侵袭及远处转移的分子特征及差异

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目的:探索鼻咽癌发生发展的相关突变基因与临床特征的相关性。寻找预测鼻咽癌发生发展的生物标志物,为下一步探索鼻咽癌新的治疗靶点打下基础。本研究采用二代测序技术对40例鼻咽癌患者行全外显子组测序(Whole Exome Sequencing,WES),寻找鼻咽癌相关突变基因,同时分析不同类型的鼻咽癌(上行型鼻咽癌与下行型鼻咽癌)的基因差异;明确突变基因与鼻咽癌局部侵袭与区域淋巴结转移的相关性,探索建立新的鼻咽癌分子分型系统的可能性,为临床诊治鼻咽癌提供新的思路。方法:收集2014年1月至2018年12月就诊于贵州省人民医院肿瘤科确诊的40例鼻咽癌患者(G1组:20例上行型鼻咽癌、G2组:20例下行型鼻咽癌)的临床资料,通过影像学分析上行型鼻咽癌与下行型鼻咽癌间的差异,从鼻腔、咽后、咽旁间隙、颈动脉鞘区,翼腭窝、上颌窦、筛窦、眼眶、颅内海绵窦以及咽后、颈部淋巴结有无转移等方面进行分析;并采集其鼻咽部癌组织标本、10例正常鼻咽组织标本,分别提取DNA后制作文库,在Illumina测序平台上进行全外显子组测序,随后行生物信息学分析,筛选出相关高频率突变基因,分析突变基因与鼻咽癌发生发展、侵袭及转移的相关性。结果:1.通过影像学分析发现G1组与G2组两组之间影像特征具有显著性差异:G1组鼻咽局灶损害严重,向上侵犯颅底骨质和颅神经,但较少或无区域淋巴结转移。G2组鼻咽局灶损害较轻,而颈部淋巴结多发转移形成巨大肿块伴包膜外侵;心肺功能及肝肾功能G1组与G2组之间无差异。2.鼻咽癌组织中的高频突变基因为:MUC19,ZNF806,TTN,ANKLE1,CYP2D7,GOLGA6L22,PRR36,PDE4A,ABO,CACNA1C;3.通过全外显子组测序发现:G1组与G2组突变基因存在差异,(G1组中突变较高的基因为:ANAPC15,ATN1,C11orf30,MALAT1,PTPN6,SUB1;G2组中突变较高的基因为:CEP170B,HNRNPUL1,PAF1,SMG9),且差异具有统计学意义,P<0.05;4.G1组与G2组的肿瘤突变负荷值(TMB)较低、肿瘤异质性(MATH)较高,两组之间TMB和MATH差异均无统计学意义,P>0.05;5.高频突变基因富集到与肿瘤相关的十大信号通路,分别是Hippo signaling pathway,RTK-RAS signaling pathway,Wnt signaling pathway,Notch signaling pathway,PI3K signaling pathway,Myc signaling pathway,Nrf2 signaling pathway,TGF-βsignaling pathway,P53 signaling pathway,Cell-cycle signaling pathway。结论:1.鼻咽癌组织中的高频突变基因为:MUC19,ZNF806,TTN,ANKLE1,CYP2D7,GOLGA6L22,PRR36,PDE4A,ABO,CACNA1C,这些高频突变基因可能成为鼻咽癌早期诊断的生物标志物;2.上行型鼻咽癌组中突变较高的基因ANAPC15,ATN1,C11orf30,MALAT1,PTPN6,SUB1可能与鼻咽癌局部高侵袭性有关;下行型鼻咽癌组中突变较高的基因CEP170B,HNRNPUL1,PAF1,SMG9可能与鼻咽癌高区域淋巴结转移相关;3.上行型鼻咽癌与下行型鼻咽癌的免疫治疗的前景无明显差异;还需结合临床客观实际进一步分析。
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