利用微生物群落演替规律预测大鼠尸体埋葬时间的探索研究

来源 :山西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tiantian200510
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:在法医学研究中,死亡时间推断(postmortem interval estimation,PMI推断)始终是重点和热点,微生物群落在尸体腐败过程中有巨大作用是毋庸置疑的。已经有研究表明,尸体腐败过程中的微生物群落演替规律可以用来估计尸体的死后时间。然而,现有的大多数研究都是针对暴露于空气中的尸体。而事实上,埋葬尸体在法医调查中是非常常见的。本研究以大鼠埋葬尸体作为研究对象,采用高通量测序技术,对埋葬大鼠尸体腐败过程中微生物群落进行检测,比较尸坑土壤样本、直肠样本和皮肤样本的微生物群落组成,探讨微生物群落随着埋葬时间推移的演替规律,并利用机器学习算法构建用来推测PMI的随机森林模型。方法:本课题使用大鼠制备埋葬尸体模型,并于不同时间点采取样本,对样本进行前处理后提取样本中总DNA,利用16S r RNA基因V3-V4区通用引物对其进行扩增,使用融合引物进行建库,在Illumina Mi Seq FGx测序平台上进行测序,利用Cutadapt、QIIME、VSEARCH、ussearch等软件对高通量测序数据进行合并、质量过滤和聚类,基于UCHIME算法去除嵌合序列,将聚类后的数据与Silva数据库比对进行物种注释,利用R进行alpha多样性分析、计算1-Bray-Curtis距离、PCo A分析、多元方差分析,利用机器学习算法进行回归分析,通过十折交叉验证生成生物标志物组,构建预测PMI的随机森林模型。结果:研究发现,不同分解阶段的微生物群落结构存在明显差异。与腐败早期阶段相比,腐败晚期阶段的alpha多样性较低。微生物群落的相似性与PMI之间存在显著的线性关系。用尸坑土壤样本、直肠样本和皮肤样本构建的预测PMI的随机森林模型对微生物群落变化的解释度分别为86.83%、84.55%和81.67%,平均绝对误差分别为1.82、2.06和2.13天。结论:在大鼠尸体腐败过程中,微生物多样性减少,尸坑土壤样本、直肠样本和皮肤样本的微生物群落组成在腐败后期阶段变得更加相似。埋葬尸体微生物群落的演替规律可以用来预测埋葬尸体的PMI。
其他文献
目的:筛选不同功能的基因,应用Real-time PCR技术检测在不同损伤时间、不同死亡时间点9种不同mRNA(Dclre1b、Asb5、Fam210a、Lin37、Hs6st1、Lrrc41、Ier3、Leprot、Gpnmb)在大鼠肌肉组织中的表达,并分析其与损伤时间、死亡时间相关关系。筛选有利于大鼠骨骼肌损伤时间推断和死亡时间推断的代表性指标,建立损伤时间推断和死亡时间推断的数学模型,为法医
目的:1.建立尿液中5羟(基)-β吲哚乙醇葡萄糖苷酸(5-hydroxytryptophol glucuronide,GTOL)和5羟(基)吲哚-3-乙酸(5-hydroxyindole-3-aceticacid,5-HIAA)的高效液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)检测方法。2.研究5-羟色胺代谢物在尿液中的代谢动力学规律,为判定饮酒案件提供法医学依据。方法:1.分析方法:乙醇的检测:取10
研究目的:本研究旨在参考国外护士处方教育体系的基础上,结合我国护理教育背景,构建科学合理的、实用的、适合我国护理硕士研究生的护士药物处方课程培训大纲,为我国护理硕士研究生护士药物处方教育提供一定的参考;确定培训大纲中各课程的重要性,为护理硕士研究生药物处方的教学提供参考依据。方法:1.文献调研法检索国内外数据库中与护士处方教育相关的文献,并追溯其参考文献,查找国外知名大学官网中与护士处方教育相关的
目的:通过比较分析溺死尸体与非溺死尸体的不同CT影像学特征,为溺死尸体的CT影像学诊断提供法医学鉴定依据。方法:收集北京市2020年1月-2021年1月溺死尸体50例及非溺死尸体50例。经SOMATOM Perspective 128 CT扫描后用anythink CT plus进行图像的三维后处理分析,分别观察头部CT片中,上颌窦、额窦、蝶窦以及乳突气房有无积液;胸部CT片中,气管、支气管有无液
目的:1.建立血液中水合氯醛、三氯乙醇的气相色谱-串联质谱(GC-MS/MS)检测方法和三氯乙酸的高效液相色谱-串联质谱(HPLC-MS/MS)检测方法;2.建立水合氯醛及其两种代谢物(三氯乙醇和三氯乙酸)在家兔体内的代谢动力学模型,研究其代谢动力学规律,建立代谢动力学方程及参数;3.研究水合氯醛及其代谢物与用药时间之间的关系,建立水合氯醛用药时间的推断方法。方法:1.样品前处理1.1水合氯醛取待
目的:本研究基于我国慢性病患者的人数不断增加,经济负担重,慢性病患者专业照顾者缺乏的现状,调查护士教练培训内容的需求,在此基础上构建适合我国护士知识、经验、水平等特点的培训课程内容,为我国各地护士教练的培养及护士角色的发展提供参考依据。方法:本研究先用文献回顾法初步形成了我国护士教练培训课程内容草案;再用半结构访谈的结果对草案进行了修订,形成了我国护士教练培训课程内容指标体系的专家咨询问卷;最后借
目的:本研究立足于高等护理教育中现存的本科护生职业发展路径教育滞后于日益增长的社会发展需要、护理人才输送方定位不明确问题,引入供给侧改革理念,旨在探索出与我国现有高等护理教育资源相匹配的本科护生职业发展路径教育方案,以优化护理人才培养路径,创新高等护理教育发展模式。方法:(1)横断面现状调查:采用便利抽样于2020年3月-2020年6月抽取山西省某高等医学院校本科护生实施问卷调查,了解本科护生职业
目的:采用16s rRNA扩增子测序技术结合机器学习算法,分析大鼠死后及尸体样本肠道微生物变化与死亡时间的关系,以此推断死亡时间(postmortem interval,PMI)。方法:大鼠样本:成年雄性健康Sprague-Dewley大鼠84只,体重250300g,腹腔注射致死量戊巴比妥(350mg/kg体重)处死大鼠,死后存放于16℃、相对湿度50%±5%条件的人工气候箱。于死后0 d、1 d
目的:筛选在头发DNA中与中国北方汉族个体年龄显著相关的DNA甲基化位点并构建年龄推断模型。方法:结合近年来研究结果及现有文献,筛选出21个可能与年龄相关的多组织通用的甲基化候选位点。基于SNaPshot技术,利用低年龄组和高年龄组的6个样本再次进行筛选,选择出10个峰型正常且具有年龄相关性的CpG位点用于构建多重甲基化SNaPshot分析方法。并对该体系进行种属特异性及灵敏度的检测。运用该方法检
目的:本研究旨在对前期基于中国汉族平原男性人群建立的9个CpG位点年龄推断模型在不同海拔地域、民族和不同性别人群中年龄推断的适用性进行验证及优化,以提升年龄推断的准确性和应用范围;分析检测体系的灵敏度,为实际案件检验提供数据支撑;比较Epi TYPER技术平台和焦磷酸测序检测DNA甲基化差异,探讨跨平台年龄推断模型计算方法研究。方法:1.将模型建立时选取的517份汉族男性样本分15~24岁、25~