损伤时间和死亡时间推断的mRNA指标筛选及应用

来源 :山西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:askloopp1
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:筛选不同功能的基因,应用Real-time PCR技术检测在不同损伤时间、不同死亡时间点9种不同mRNA(Dclre1b、Asb5、Fam210a、Lin37、Hs6st1、Lrrc41、Ier3、Leprot、Gpnmb)在大鼠肌肉组织中的表达,并分析其与损伤时间、死亡时间相关关系。筛选有利于大鼠骨骼肌损伤时间推断和死亡时间推断的代表性指标,建立损伤时间推断和死亡时间推断的数学模型,为法医研究工作中的指标筛选提供新的思路。方法:将168只Sprague-Dawley大鼠随机分为对照组、损伤组(4h、8h、12h、16h、20h、24h,n=24),损伤组进一步分为三个死亡时间亚组(死后0h、12h、24h,n=24)。使用3%的戊巴比妥钠(0.13m L/100g)腹腔注射麻醉大鼠,将500g重力锤从30cm处自由落体砸于大鼠右后肢肌群,按设置的时间点将大鼠注射致死量戊巴比妥钠处死,将24只大鼠分别保存在气候箱(16℃)中0h、12h、24h,每个死后时间点8只,取大鼠右后肢骨骼肌损伤处肌肉组织100mg置于液氮中保存待用。使用Real-time PCR检测Dclre1b、Asb5、Fam210a、Lin37、Hs6st1、Lrrc41、Ier3、Leprot、Gpnmb mRNA在大鼠骨骼肌不同损伤时间、死亡时间点的相对表达量。使用Pearson相关分析评价目的mRNA与损伤时间、死亡时间表达的相关关系。进一步,采用SIMCA-P 14.1进行偏最小二乘判别分析(PLS-DA)对损伤时间和死亡时间初步分组。进而,建立损伤时间和死亡时间Fisher判别模型。使用留一法内部交叉验证评估模型准确性。结果:(1)本实验提取的总RNA样本OD260/OD280值均在1.8~2.0之间,RIN值大于7.0。9个目的基因与两个内参基因的扩增效率处于90%~110%之间,相关系数均大于0.990,表明各基因扩增效率较高,反应体系恰当,适合进行后续分析。(2)与正常对照组相比较,在不同损伤时间、死亡时间点,9种基因的相对表达量变化趋势和变化程度均不完全相同。(3)使用SPSS进行Pearson相关分析,评价损伤时间、死亡时间与9个指标的相关性,筛选出与损伤时间相关性较强的4个指标,与死亡时间相关性较强的5个指标。(4)应用4个与损伤时间相关度高的指标进行PLS-DA初步分析,损伤后0h、4h、8-12h、16-24h这四个时间段区别明显;应用5个与死亡时间相关度高的指标进行的PLS-DA分析,结果显示三个死亡时间组间的差异明显。(5)按照损伤后0h、4h、8-12h、16-24h分组建立的Fisher判别模型,结果显示94.6%的原始已分组样本被正确分类,内部交叉验证的准确率为92.8%;按照死后0h、12h、24h分组建立的Fisher判别模型能够对89.6%的原始已分组样本进行正确分类,内部交叉验证的准确率为89.6%,3组不同死亡时间区分效果较好。结论:本研究分析9个mRNA在大鼠骨骼肌中不同损伤、不同死亡时间的表达差异,结果表明检测指标随损伤时间和死亡时间呈现时序变化,利用Pearson相关分析分别筛选出与损伤时间或死亡时间相关度高的指标,为损伤时间和死亡时间指标筛选系统的建立提供研究基础;在指标筛选的基础上,建立PLS-DA模型和Fisher判别模型,可对损伤时间和死亡时间推断进行较为准确的预测,同时验证了所筛选指标的有效性,为后续研究提供了新思路。
其他文献
学位
学位
学位
目的:研究乳酸杆菌治疗女性绝经后骨质疏松的临床疗效分析。方法:选择2018年2月-2019年5月在本院就诊的绝经女性481例,其中骨质疏松患者126例,纳入排除标准后最终参与患者92例,将这些患者分为乳酸杆菌组、对照组,两组患者均连续治疗24周,定期进行随访,检测各组患者治疗前后的各种骨代谢指标,骨密度(BMD)、炎症指标(TNF-α、IL-6)及各组不良反应发生率。结果:经治疗后相比于对照组,乳
目的:通过相关问卷的调查,了解护理实习生的压力水平,分析护理实习生在实习后期的压力源。为减轻护理实习生压力,提出有效的干预措施提供参考依据,从而提高临床教学质量。方法:根据研究目的,按照整群便利抽样原则,经医院护理部同意,在本人自愿原则下,以2019年2月-4月,在吕梁市某医院实习的临床护理实习生(以下简称护理实习生)为调查对象。自制一般资料调查问卷,包括性别、年龄、生源地、是否独生子女、在校学习
目的:了解全面二孩政策实施后山西省育龄人群的生育意愿现状及影响因素,以期为完善山西省人口政策、促进人口健康发展提供参考。方法:自行设计山西省育龄人群生育意愿及影响因素调查问卷,于2020年9月至2020年11月运用“问卷星”对山西省11个地市18-49周岁之间的育龄人群进行调查,与现配偶已育二孩者不在本次调查范围内。调查内容包括调查对象基本情况、生育现状、生育意愿及生育原因等四方面。采用SPSS2
目的:探究S1P磷酸酶2(S1P phosphatase 2,SPPase2)调节胰岛β细胞增殖和内质网应激的关键基因。应用文献计量学的方法探讨关键基因研究领域的进展趋势和研究前沿。方法:GSE73131芯片数据集来自GEO数据库,选取SPPASE2基因敲除与野生型小鼠差异表达的基因,构建蛋白互作分析网络(Pro-tein-Protein Interaction,PPI),将关键基因用STRING
目的:胃癌患病率在全球癌症人口中居第五位,在癌症相关性死亡原因中排第三位。胃黏膜萎缩是胃癌进展的关键阶段。早期诊断慢性萎缩性胃炎可以对患者进行生活方式或药物干预,对预防胃癌的发生发展具有重要意义。然而,内镜下诊断慢性萎缩性胃炎的敏感性仅为42%,临床上慢性萎缩性胃炎的诊断依据病理组织检查,导致临床工作中慢性萎缩性胃炎漏诊率较高。为提高慢性萎缩性胃炎的内镜下诊断率,我们旨在将人工智能技术应用于慢性萎
目的:汉化并修订患者隐私量表(Patient Privacy Scale,PPS)使其适用于实习护生,并进行信效度评价。了解实习护生保护患者隐私的认知与行为现状并分析其影响因素。方法:获得原量表作者授权后,对此量表进行汉化及专家函询,采用便利抽样方法,对山西省三所医学院校的130名实习护生进行施测,评价量表的信度、效度,后对六所山西医科大学附属医院的890名实习护生进行患者隐私保护量表(实习护生版
目的:利用Agilent蛋白芯片技术结合四种机器学习算法检测分析大鼠深静脉血栓(deep venous thrombosis,DVT)形成过程中血浆蛋白谱的变化,探讨血浆蛋白表达谱与血栓形成的时序性变化规律,以此进行血栓形成时间的推断。方法:建立大鼠DVT模型,分为对照组和手术组,对照组不做任何处理(n=10),手术组包括血栓形成后1 h、6 h、12 h、1 d、2 d、3 d、4 d、5 d、