我国拥有大量海岸带资源,沿海滩涂是其重要的地貌形态之一,然而滩涂的盐碱化问题日益严重,有效的开发利用这部分滩涂资源受到了人们的关注。菊芋（Helianthus tuberosus）是一种繁殖能力强的农作物,它具有适应能力强、耐盐碱、耐寒旱等特点,现已在江苏滩涂上被广泛种植。菊芋的传统种植过程中需要施肥并且定期追肥,氮肥是其中一种必不可少的肥料,但是施用化学肥料会带来诸多土壤环境问题,而内生固氮菌则可以通过生物固氮、分泌生长激素等作用机制来提供植物所需营养物质从而促进植物的生长发育的。寻找菊芋的的固氮菌来代替氮肥或者减少氮肥的使用,将对其农业种植以及滩涂利用开发均具有重要意义。为了探究不同氮肥施用对菊芋地下部中的微生物群落变化,本文通过对菊芋地下部进行高通量测序,用生物信息学分析其微生物的群落变化。并从滩涂植物菊芋块茎中获得一株具有较好促生特性的内生固氮菌,研究了菊芋在体内的定殖及其对植物生长的促进作用。1.每隔两月对菊芋在两种施肥处理（施加磷钾肥和施加氮磷钾）下的地下部分进行16S和ITS高通量测序,结果通过生物信息学进行分析:结果显示细菌和真菌的微生物群落变化存在差异。从物种组成来看,纲的水平下,不同处理之间对细菌和真菌的优势纲影响不大。属的水平下,施加氮肥处理对菊芋地下部细菌主要优势属影响不大,不动杆菌属（Acinetobacter）和假单胞菌属（Pseudomonas）的比例在全年都占主要地位,而施加氮肥对真菌优势属的组成影响比较大,在施加氮肥后种类有明显变动且没有绝对的优势属;从网络拓扑架构看,施加氮肥对细菌和真菌的影响也截然相反,细菌在施加氮肥处理的菊芋内相对丰度较强的OTU数略高于不施加氮肥处理情况下的OTU数,且在施加氮肥处理后OTU间的负相关数明显增加,而真菌则是在未施加氮肥的时候OTU数更多且负相关更多;从微生物多样性上看,细菌的Alpha多样性在两种肥料处理下都存在一定差异,在5月和9月细菌多样性最高,并且从NMDS分析中可以看出,不同时间段之间群落结构存在显著差异,而且施加氮肥对群落结构影响显著。真菌的Alpha多样性在在7月和9月细菌多样性丰富度较高,并且发现施加氮肥对真菌的群落结构没有显著影响。2.从滩涂植物菊芋的地下部中分离出来21中内生固氮细菌,用乙炔还原法测定固氮酶活性,其中固氮酶活性最高的Stenotrophomonas sp.SI-NJAU-1,为36.98 nmol/（h·ml）。该菌株还具有较高的分泌IAA以及活化无机磷的特性,并且通过PCR验证出该菌内具有nifH基因。使用被绿色荧光蛋白标记的菌株SI-NJAU-1y在不同菊芋块茎中定植,发现该菌株具有运动性,随着植物的生长会在根和叶中分布。通过温室实验,我们发现在不施加氮素的情况下接种SI-NJAU-1对菊芋具有显著的促生作用,40天后,菊芋的生物量和氮素相关指标的实验组明显高于对照组,菊芋生物量相较于对照组重了 7g,全氮含量高出9.96g/kg,蛋白质浓度高出135.33μg/ml,硝酸还原酶含量高出1.8U/g,谷氨酰胺还原酶含量高出3U/g。但低氮和中氮营养水平下,尽管一些生理指标发生了变化,但大部分没有明显的整体变化。