环境侵权案件中的因果关系认定极具特殊性,因此有必要对司法实践中该类案件的因果关系认定予以分析。通过对2018年全年环境侵权案件裁判文书样本和其中客观要素的实证分析,得出案件样本的整体情况。环境侵权案件多数要经历二审才能结案,案件地域分布与商品粮基地、水体水域分布高度重合,案件上诉率、改判率也值得关注。另外,由于环境侵权案件原、被告地位存在差距,案件争议焦点以因果关系认定为中心的特点,使这类案件中因果关系认定的举证责任分配区别于其他的侵权案件,也使得案件裁判结果会对双方当事人产生极大的经济影响。基于环境侵权案件实证分析中因果关系要件的当事人举证责任分配和法院认定两个方面,对该类案件裁判文书进一步考察,发现其中存在的问题。根据2018年全年的裁判文书样本分析,因果关系认定举证责任分配存在原、被告证明责任界限不明,当事人举证忽略“辅助证据”,举证责任分配存在法律冲突等问题;而法院认定时存在法官自由裁量表述不清,缺乏区分处理,受案件质量评估体系的负面影响等问题。针对因果关系认定中存在原、被告界限不明和忽略“辅助证据”的问题,引入因果关系理论中的盖然性因果关系说来对原告、被告的证明责任和证明程度予以明确和细化,尽量避免法院认定时唯鉴定意见是从的司法现状;为解决现行因果关系认定的法律冲突问题,增加被告的合理抗辩理由,与盖然性因果关系说的引入共同解决立法、司法中的矛盾;通过引入“海瑞定理”到疑案裁判中,规制疑难案件中法官自由裁量权行使的主观性;构建类型化处理机制区分环境侵权案件中不同侵权行为的因果关系认定逻辑,借鉴国外环境侵权中的因果关系学说研究使当事人对裁判结果接受度提升;现行案件质量评估体系由于存在局限性,则通过改变绩效化的指标设置,区分行政与司法的评估结果,使环境侵权案件裁判过程更具专业性,裁判结果更具说服力。