随着高校教育事业的科学发展，高校预算管理改革日益深化，专项资金绩效评价也随之成为国内学者研究的重点课题之一。如何构建系统的专项资金绩效评价体系，全面反映专项资金支出的使用效益，是教育界亟需解决的问题。　　论文以高校专项资金绩效评价为研究对象，首先对专项资金和绩效管理的基础概念和理论进行了介绍说明，并运用文献分析法对现有的关于高校专项资金绩效评价的文献资料进行了考证研究。以此为基础，论文选定层次分析法作为构建高校专项资金绩效评价指标体系的方法，经过对中央高校专项资金分类梳理，设立了学科建设绩效、教学质量绩效、改善办学条件专项实施绩效3个二级指标和新增国家级人才、科研经费占总经费比例、SCI论文数、新增国家级学科荣誉、毕业生就业率、创新创业获奖数、生均事业费、学校师生比、单位工程成本控制（面积）、单位工程成本控制（延米）、新增20万元以上设备等11个三级共同构造了新高校拨款制度下专项资金绩效评价体系。　　运用该评价体系，论文对S大学2013、2014年专项资金绩效情况进行评价和分析。结果显示S大学2014年专项资金整体绩效和中央基本科研业务费、中央高校建设世界一流大学（学科）和特色发展引导专项资金、中央高校改善基本办学条件专项三个单一专项的绩效情况均好于2013年，但中央高校教育教学改革专项资金绩效有所降低，主要是发展的可持续存在隐患。这一结论与S大学实际管理情况及发展情况有较高的吻合度，说明论文建立的专项资金绩效评价体系具有较高的合理性和实用性，可以运用于高校绩效自评以及不同高校间的绩效比较。