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本研究样地设在吉林省露水河林业局宏伟林场的红松种子园和天然红松林内,利用cpSSR分子标记方法,以选取的28个无性系的单株及在种子园隔离区外5公里处天然红松林内选取的30个单株为对象,进行红松天然种群和人工种群交配系统的研究。通过改进的CTAB法提取红松胚DNA,改进的CTAB法与传统的CTAB法相比提取的DNA条带清晰明亮,含有的杂质少,增加了DNA的得率,满足了cpSSR引物扩增时DNA模板的需要。利用筛选出的8对cpSSR引物对28个无性系单株的280个红松子代以及对天然红松林选取的30个单株的300个子代进行扩增,共扩增出26个位点,天然红松林共扩增出18个位点,其中多态性位点15个,平均每个引物多态位点数1.875个；无性系种子园共扩增出20个位点,其中多态性位点18个,平均每个引物多态位点数2.375个。各个引物获得的多态性条带数的范围在1-5之间,引物69F/R多态性位点最多的为5个,引物PCP79987最少的为1个。对红松天然种群和人工种群进行交配系统分析,估算出红松天然种群多位点异交率tm=0.588(SD=0.000)单位点异交率为ts=0.479(SD=0.000);近交指数(tm-ts)=0.108(SD=0.000),固定指数F=-0.063(SD=0.000)；而红松人工群体估算出多位点异交率tm=0.635(SD=0.000)单位点异交率为ts=0.515(SD=0.000);近交指数(tm-ts)=0.120(SD=0.000),固定指数F=-0.300(SD=0.000)。研究结果表明两个群体的近交指数都接近于0,说明红松天然种群内与人工种群内都不存在近交衰退现象；固定指数F小于0,说明两种群的杂合子都过剩。此外红松天然种群的异交率要稍低于人红种群。