栖息地退化和破碎化是对世界范围内物种多样性最主要的威胁。草原栖息地退化和破碎化对不同物种的影响不尽相同,对分布区狭窄和数量较小的留鸟种群影响最为显著。栗斑腹鹀（Emberiza jankowskii）为典型草原鸟类,分布区狭窄并急剧萎缩、繁殖成功率低、种群持续下降,其种群现状已受到国内外高度关注,世界自然保护联盟（IUCN）2010年将其濒危等级由易危调至濒危,中国于2021年2月将其列入中国《国家重点保护野生动物名录》Ⅰ级。肠道微生物是脊椎动物维持健康的重要组成部分,其群落结构组成受到饮食、环境以及遗传因素的影响。动物肠道微生物的研究在保护生物学中有着非常重要的意义。鸟类以其分布范围广、食性差异大等特点,其肠道微生物研究受到越来越多的关注。随着保护生物学的发展,濒危鸟类肠道微生物的研究在保护生物多样性方面显得尤为重要。本文以繁殖期的濒危野生鸟类栗斑腹鹀为研究对象,介绍了栗斑腹鹀繁殖生态以及遗传多样性。并且借助16S r RNA高通量测序技术,研究栖息地退化和破碎化背景下食物、巢内微环境对栗斑腹鹀雏鸟与成鸟肠道微生物影响以及肠道微生物群落结构对其身体质量的影响;分析同域分布、种群数量受栖息地破碎化和退化影响的栗斑腹鹀与无危的近缘物种三道眉草鹀之间肠道微生物群落结构及组成,探讨栖息地破碎化对栗斑腹鹀肠道微生物的组成的影响;分析生活史不同的寄生物种大杜鹃雏鸟与宿主栗斑腹鹀雏鸟的肠道微生物的组成差异,探讨栖息地退化和破碎化对大杜鹃雏鸟和栗斑腹鹀雏鸟肠道微生物的影响。通过以上分析,阐明栖息退化和破碎化背景下栗斑腹鹀肠道微生物的影响因素,现得到以下结果:1.栗斑腹鹀繁殖失败的主要原因是天敌捕食,并且栖息地退化和破碎化背景下,栗斑腹鹀遗传多样性要高于其他濒危物种,栖息地破碎化和退化目前并没有降低其遗传多样性。2.繁殖期栗斑腹鹀肠道微生物群落结构主要由变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）以及放线菌门（Actinobacteria）组成。雏鸟肠道微生丰富度高于成鸟但并不显著（P>0.05）,雏鸟肠道微生物多样性则显著低于成鸟（P<0.05）。并且栗斑腹鹀肠道微生物多样性有随着日龄的增加而增加的趋势,丰富度随着日龄的增加而降低的趋势。戴尔福特菌属（Delftia）、链球菌属（Streptococcus）以及假单胞菌属（Pseudomonas）丰富度随着日龄的增加而降低,红色杆菌属（Rubrobacter）、假诺卡氏菌属（Pseudonocardia）、包西氏菌属（Bosea）、节杆菌属（Arthrobacter）以及甲基杆菌属（Methylobacterium）的丰富度随着日龄的增加而增加。3.食物OTU丰富度对栗斑腹鹀成鸟和雏鸟肠道微生物OTU丰富度有影响（P<0.05）,但是巢微环境以及食物和巢微环境交互作用对栗斑腹鹀成鸟及雏鸟的肠道微生物影响不显著。在6日龄时,雏鸟肠道微生物丰富度越高,雏鸟身体质量越好（P<0.05）;在9日龄时,雏鸟肠道微生物多样性越大,雏鸟身体质量越好（P<0.05）;随着雏鸟日龄的增加,丰富度有降低的趋势而多样性则随着日龄的增加而增加。4.栗斑腹鹀成鸟与近缘种三道眉草鹀成鸟肠道微生物群落多样性与丰富度无显著性差异。但是栗斑腹鹀雏鸟肠道微生物丰富度显著高于三道眉草鹀雏鸟,多样性无显著差异。Lef Se分析显示栗斑腹鹀肠道内的赫山单胞菌属Herminiimonas、鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas、沉积小杆菌属Sediminibacterium及假单胞菌属Pseudomonas的丰富度显著高于三道眉草鹀,而克雷伯式杆菌属Klebsiella、乳杆菌属Lactobacillus、泛菌属Pantoea的丰富度显著低于三道眉草鹀。与三道眉草鹀相比,栗斑腹鹀肠道内的微生物大多是具有降解环境污染的有机物和降低毒性的作用。5.栗斑腹鹀雏鸟与其寄生物种大杜鹃雏鸟肠道微生物群落组成有显著差异,栗斑腹鹀雏鸟以变形菌门为主,而大杜鹃雏鸟以厚壁菌门为主。栗斑腹鹀雏鸟肠道微生物多样性显著高于大杜鹃雏鸟（P<0.05）,丰富度差异不显著。生活史不同可能是影响两种鸟类肠道微生物差异的主要原因。Lef Se分析显示大杜鹃雏鸟肠道内细链孢菌属Catenulispora、鲍特氏菌属Bordetella、脱硫豆菌属Desulfotignum以及巴尔通氏体属Bartonella丰富度显著高于栗斑腹鹀雏鸟,而鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas低于栗斑腹鹀雏鸟。在两种鸟类的肠道内均检测出具有降解有机污染物功能的菌属,说明栖息地退化和破碎化影响了鸟类肠道微生物群落结构的组成。