肺癌患者血浆RNA筛选及差异表达分析

来源 :东南大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:summerweixi
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
肺癌的发病率和死亡率都极高,造成这一结果的原因之一是肺癌的早期诊断十分困难,为提高肺癌患者的5年生存率,目前亟需一种灵敏且无创的诊断方式。近年来随着测序技术的发展,有关肺癌生物标记物的筛选变得越来越热门,越来越多的潜在的肺癌标记物被发现,其中包括各种蛋白质,DNAs,RNAs(micro RNAs,long-non-coding RNAs,circular RNAs)等等。环状RNAs(circ RNAs)是一系列内源性的非编码RNA,最显著的特点是它具有闭环结构,致使其对核酸外切酶有更高的耐受性,可以稳定存在于组织和体液中,而且circ RNAs具有组织和发育阶段特异性,与疾病息息相关。部分circ RNAs被报道具有mi RNAs海绵体的作用,从而参与到RNA调控网络中,因此circ RNAs是一种理想的潜在疾病标志物。尽管目前有许多研究集中在肺癌生物标志物上,但很少有关于肺癌患者的细胞外RNAs(ex RNAs)的报道。血浆中ex RNAs(包括m RNAs,lnc RNAs,circ RNAs等等)包含来自全身各个组织的核酸信息,从某种程度上,可以反映个体的健康状况,而且由于获取血浆的低侵入性,也使血浆成为筛选肿瘤标记物的理想材料。基于上述背景,我们尝试利用RNA-seq技术,通过使用少量外周血血浆来分析血浆中ex RNAs的组成,并以非小细胞肺癌为研究对象,比较非小细胞肺癌(NSCLC)患者和健康对照者血浆中的表达基因,经过一系列生物信息学分析,筛选出与非小细胞肺癌(NSCLC)相关差异表达基因(DEGs)和circ RNAs。随后利用定量PCR技术对差异性表达的DEGs和circ RNAs进行验证,最终筛选出NSCLC潜在的肿瘤标记物。本文的研究内容和结果主要可分为以下三个部分:1、血浆中细胞外RNAs测序分析:本文利用高通量测序技术对6个非小细胞肺癌患者和6个健康对照个体的各500μL血浆中的ex RNAs进行表征,结果发现在非小细胞肺癌患者血浆中,线粒体r RNAs(MT-r RNAs)和线粒体t RNAs(MT-t RNAs)的表达显著上升,其余类型RNAs在NSCLC中没有明显变化,其中protein_coding RNAs和lnc RNAs无论是reads数还是基因种类都占了其余类型RNAs的绝大多数。因此MT-r RNAs和MT-t RNAs可能作为区分NSCLC的潜在的标志物。而circ RNAs的表达量较低,共表达水平低,原因有待进一步探究。2、肺癌血浆中差异表达基因分析:与正常个体相比,NSCLC血浆中总共有640个差异表达基因(368个上调和272个下调)。经过一系列功能富集和WGCNA分析后,我们筛选出了7个关键DEGs与肺部肿瘤发生高度相关,包括COX1,COX2,COX3,ND1,ND2,ND4L和ATP6。且这7个DEGs在进一步的定量PCR验证中也得到了证实了在NSCLC患者血浆中高表达,有潜力作为区分NSCLC的潜在的标志物。3、hsa_circ_0000722作为NSCLC肿瘤标志物的初探:分析了6个非小细胞肺癌患者和6个健康对照个体的circ RNAs测序数据,利用定量PCR验证hsa_circ_0000722在NSCLC血浆中的表达,结果显示hsa_circ_0000722在非小细胞肺癌患者血浆表达显著上调。并对hsa_circ_0000722进行相关靶micro RNAs预测和KEGG通路分析,结果显示靶向mi RNAs的多条代谢途径都与肺癌的发生息息相关。进一步证实了hsa_circ_0000722有作为NSCLC肿瘤标记物的潜能。基于本研究对非小细胞肺癌患者少量血浆中ex RNAs的高通量测序结果,我们发现在非小细胞肺癌患者血浆中,包括线粒体r RNAs(MT-r RNAs)和线粒体t RNAs(MT-t RNAs),m RNAs(COX1,COX2,COX3,ND1,ND2,ND4L和ATP6)以及hsa_circ_0000722的表达都显著上升,都有潜力成为非小细胞肺癌患者的肿瘤标志物。
其他文献
随着毫米波太赫兹频谱资源的不断开发,传统传输线在高频段的应用由于损耗大、加工困难、功率容量小等缺点受到越来越多的限制,准光技术利用高斯波束在自由空间的无损耗传播,克服了传统传输线在高频段存在的诸多缺陷,在毫米波太赫兹系统中得到了越来越广泛的应用。本文基于准光技术,进行了空间波束功率合成和超高温复介电常数测量两个方向的研究。在短毫米波亚毫米波频段,单个固态器件产生的功率输出往往无法满足雷达通信、探测
航空类高校民航技术研发中心作为一种特殊类型的研发建筑,其建设数量少且缺乏相关的专业研究。本文以民航技术研发中心的功能组织为研究对象,从建筑师的角度出发探讨了民航技术研发中心这种特殊类型的建筑平面与空间组织的设计方法。论文首先对航空类高校民航技术研发中心进行了概念解析,梳理其发展的起源和相关理论研究的深度。随后,通过对建筑和使用主体的调研,分析现有建筑所存在的问题以及使用人群的需求,进一步确立理论研
乳腺癌是目前我国女性中最常见的癌症,是女性癌症死亡的第二大原因。由于乳腺癌可以诱导唾液腺分泌特定的外泌体,因此,通过检测唾液中的特定外泌体可对乳腺癌进行早期诊断。最近,基于SERS技术的免疫测定法凭借其高灵敏度、多通量检测能力和光稳定性强而备受关注。本文提出了一种基于疏水基底和SERS光学探针的外泌体捕获检测平台,借助“三明治”免疫测定法实现了对外泌体的捕获和检测。首先,采用气相沉积法制备了有机硅
钢筋混凝土框架-剪力墙结构在我国高层建筑中广泛采用,但对于墙体布置的优化设计还是通过基本概念指导下的不断试算来完成。手工调整试算的设计方法不但效率低,而且优化的结果往往不够理想,研发高效的自动优化算法具有很强的实用价值和理论意义。本文针对框-剪结构墙体优化布置问题的特点及复杂性,在对框-剪结构进行参数化建模的基础上,对粒子群优化算法进行改进,研发出基于改进粒子群算法的墙体布置优化程序,并结合工程实
近年来,Micro-CT发展迅速,应用广泛,在生物医学、材料科学、工业检测等重要领域都有研究。而由于设备功率和辐射剂量等限制,Micro-CT图像往往包含噪声,造成图像质量退化,从而阻碍了基于优质Micro-CT重建的高级应用。因此,开发一种有效的算法抑制甚至消除Micro-CT重建过程中的噪声干扰至关重要。Micro-CT图像的噪声水平与扫描样本、扫描参数、硬件属性等诸多因素有关,优异的噪声抑制
随着大数据时代下飞速发展的数据流量需求不断扩大,100G甚至400G以太网的应用越来越广泛。随着100G技术及标准日趋完善,全球各地的数据中心正在加速建设100G网络。100G以太网是由IEEE.802.3ba工作小组颁布的以太网标准,其中物理层的PMA子层的主要功能就是实现N:1的复接,以适配PMD子层的电或光器件。一种可行的电接口方案是4×25G的方案,对应的难度在于PMA对应的25Gb/s的
表面增强拉曼散射(SERS)技术因其高灵敏、指纹谱以及快速无损检测的特点,在生命科学领域中广泛应用。随着工艺水平的提高,加上微型化和集成化,使得芯片实验室(Lo C)在生命科学和分析化学领域得到了快速的发展。基于SERS技术和Lo C技术的发展,结合两者的优势,将功能化的SERS基底集成在微流控芯片中,研制基于Lo C-SERS的高灵敏、高通量、微型化、易操作的检测芯片,对于实现高灵敏的便携检测具
传统桥墩的抗震设计基于延性设计理念,在地震中通过自身的塑性变形来耗散能量,震后往往存在较大的残余变形和结构损伤,从而影响桥梁的正常使用,并给震后修复带来困难。为提高传统桥墩的抗震性能,本文提出了一种新型的“自复位FRP(Fiber Reinforced Polymer)-混凝土-钢组合空心桥墩”,可减少地震后桥墩的残余变形和结构损伤,同时耐腐蚀材料的应用可提高桥墩在自然环境恶劣地区的耐久性。基于这
穿斗式木结构建筑在中国的建筑历史中占有重要的地位,是中国木结构建筑的一种,时至今日,穿斗式木结构建筑在我国的南方地区村镇中也很常见。近年来我国地震频发,穿斗式木结构建筑在地震中受到了不同程度的损伤,对人民的生命财产安全造成影响,建立村镇穿斗式木结构建筑抗倒塌设计规范迫在眉睫。我国目前对于木结构的数值仿真研究尚未形成成熟体系,有限元分析作为穿斗式木结构抗倒塌设计规范形成过程中的重要一环,需要形成可靠
随着社会的不断发展,人民群众对公安安全的需求不断增长,视频监控系统由于其直观性与便捷性的优点得到了广泛的使用。但现有的视频监控系统功能比较单一,一般只具备监控视频观看、查询以及回放等功能。此外相关科研工作者对暴力行为这一复杂的异常行为关注较少,而且相关研究往往忽视了不同场景下暴力行为之间的差异性。针对这些问题,本文对监控视频中拥挤场景以及非拥挤场景下的暴力行为检测问题进行了相关的研究,并搭建了一个