胡椒被称为香料之王，是海南省重要经济作物之一，其加工产品主要为白胡椒。采用固态发酵方式可实现胡椒的高效脱皮，且白胡椒品质好。本研究采用基于二代测序平台的高通量测序技术，分析胡椒固态发酵脱皮过程中微生物群落结构的动态变化。研究结果表明，黑曲霉接入后在整个发酵阶段始终占据主导地位，菌种相对含量高达95％以上，因此真菌群落结构相对稳定。而细菌群落结构在发酵不同时期持续波动，其中假单胞菌属(Pseudomonas)、塔特姆氏菌属(Tatumella)、泛菌属(Pantoea)、不动杆菌属(Acinetobacter)、乳球菌属(Lactococ-cus)、肠杆菌属(Enterobacter)等菌属占据所有细菌含量的95％以上。基于微生物群落相关性的研究表明，假单胞菌和不动杆菌属与黑曲霉呈显著正相关，具有极强的协同作用。基于微生物功能基因的分析表明，上述三个属细菌及真菌与胡椒脱皮关键酶系果胶酯酶(COG4677)和乙酰基木聚糖酯酶(COG3458)的产生密切相关。本研究的开展可为完善胡椒固态发酵脱皮工艺，提高胡椒脱皮效率以及胡椒产品质量奠定理论基础。