【摘 要】
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在组织共生微生物群系的研究中,组织样本中微生物细胞比例远低于宿主细胞,导致高通量测序数据中属于微生物的序列比例很低,不足以准确反映菌群多样性和结构组成.本文比较了HostZEROTM Microbial DNA Kit（ZYM）和NEBNext mircobiome DNA enrichment kit（NEB）两款商用DNA提取试剂盒、16S rRNA基因V3-V4高变区测序文库构建过程中的巢式
【机 构】
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上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室
【基金项目】
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国家自然科学基金（批准号:31922003,81871091）资助；
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在组织共生微生物群系的研究中,组织样本中微生物细胞比例远低于宿主细胞,导致高通量测序数据中属于微生物的序列比例很低,不足以准确反映菌群多样性和结构组成.本文比较了HostZEROTM Microbial DNA Kit（ZYM）和NEBNext mircobiome DNA enrichment kit（NEB）两款商用DNA提取试剂盒、16S rRNA基因V3-V4高变区测序文库构建过程中的巢式PCR（NES）和扩增产物切胶回收（GEL）四种方法.与未经去除宿主DNA的方法相比,四种方法都使胃组织样本测序结果中细菌序列占比显著增加. NES和ZYM明显改变了纯菌菌株混合样本和胃组织样本菌群的组成; NEB未对菌株混合样本菌群组成造成明显影响,但对胃组织样本菌群结构影响大;只有GEL方法对样本菌群结构影响较小.综上所述, GEL方法能够去除大部分宿主DNA又对菌群组成影响最小,这为研究组织微生物群系时减少测序数据中宿主DNA的方法选择提供了参考.
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