世界格局变化难测,国家创新体系也面临着诸多挑战,高校作为国家创新体系的重要组成部分,影响高校科技创新系统发展的因素也越来越复杂,传统的因子分析法、模糊综合分析法和DEA数据包络分析法等方法虽然能够对高校科技创新系统进行有效的评价,并且国内外学者也从高校与企业、政府、社会协同的角度进行了研究,但是很少有学者研究高校科技创新系统内部的协同,本文将从科技创新系统内部出发,把高校科技创新系统视为由不同子系统组成的复杂系统,以协同学的思想对其进行研究,从而找到影响高校科技创新系统协同发展的关键因素。首先,论文综述了与高校科技创新系统协同管理相关的自组织理论、耗散结构理论、协同学理论和创新理论等,并对高校科技创新系统相关研究及协同学理论在高校科技创新系统上的应用进行了综述。其次,通过国家教育部科学技术司公布的2004—2017年高等学校统计资料对我国高校科技创新系统的现状进行了分析,并总结了其所存在的不协同问题。第三,以协同管理相关理论为指导,从演化条件、演化动力和演化原理对我国高校科技创新系统协同演化发展的进行了机理分析。第四,建立了高校科技创新系统协同管理评价指标体系,应用协同学序参量原理构建了高校科技创新系统的协同演化模型,找到了影响我国高校科技创新系统协同管理的关键变量——序参量。第五,结合序参量定态稳定解构建了高校科技创新系统协同度模型,对我国高校科技创新系统的协同度进行了评价分析。最后,结合上述研究,以协同学相关理论为指导,提出了提高我国高校科技创新系统协同管理水平的相关建议:加强以高级职称科技人员为核心的人力资源建设、积极推动国际交流合作、提升出版科技著作的质量和数量、双管齐下营造良好环境推进校企合作、增强高校科技创新成果转化中介机构桥梁作用、加快高校科技创新系统向更高级有序演化。上述研究在一定程度上丰富了高校科技创新系统研究的理论方法,拓宽了协同学相关理论的实践应用,研究结论及相关建议可供我国高校科技创新系统及各高校决策时参考。