蛋白质是生物体内占有特殊地位的生物大分子,它是生物体的基本构件,也是生命活动的重要物质基础,几乎一切生命现象都要通过蛋白质的结构和功能而体现出来。在分子生物学中,深刻阐明蛋白质的结构和功能是探索生命奥秘的最基本任务。相对于蛋白质序列,蛋白质结构对生物的活性、功能的影响更明显,更直接,而对蛋白质分子高级结构和功能的认识却远远落后于对序列的认识。因此,对蛋白质的结构研究尤为重要。在蛋白质的结构中,二级结构、三维空间结构的比较和分析是一个非常基础而又十分重要的课题之一。本文的主要工作包括以下两个部分：1.利用蛋白质二级结构的一种新的2-D图形表示来比较蛋白质二级结构的相似程度。首先,把蛋白质二级结构转化成平面上的点列,其次根据点列的分布特点得到其拟合曲线,并利用α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲结构的频率构造三维向量来描述蛋白质二级结构的属性,对layd等12个蛋白质二级结构进行相似性比较。2.蛋白质三维结构在立方体模型划分下,提取碳原子密度来进行三维结构相似性的比较。首先,通过PDB数据库提取蛋白质原子的坐标,计算中心位置,进行坐标平移、规范化,接着进行立方体模型划分,计算每部分C原子的分布密度特征,最后利用曼哈坦距离的计算得出相应的特征值,从而进行蛋白质三维结构的相似性比较。