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从江香猪是我国稀有的优良地方微型猪种,但香猪的生长慢的调控机制不清楚。本文利用Illumina Porcine SNP60（60K）猪全基因组SNP芯片对从江香猪生长性状关联SNP位点进行全基因组关联分析（GWAS）,并结合MSAP检测从核基因整体水平分析从江香猪的遗传多态性,得到以下结论:1.应用甲基化敏感扩增多态性（MSAP）技术,通过筛选的10对引物对60头从江香猪个体血液基因组和肝脏DNA胞嘧啶甲基化模式和水平进行评估,克隆差异片段比对分析。总共得到5642条条带,从江香猪DNA的总甲基化水平为34.17%,全甲基化水平为14.84%,半甲基化水平为19.33%。分离克隆得到3条高体重群特有和3条低体重群特有的甲基化条带。其中A1-A5位于基因CLSTN3（Calsyntenin-3）、磷酸酰肌醇蛋白聚糖6（glypican-6-like）、泛素连接酶E3（HERC3）、蛋白酪氨酸磷酸酶受体G（Protein-tyrosine phosphatase gamma,PTPRG）内含子上,A6位于猪的UDP2C1基因第一个外显子前端（GeneID:LOC100515222,序列号NC010450）。2.应用Illumina Porcine SNP 60芯片对120份香猪和可乐猪基因组的SNP进行检测,经过严格的质量控制,结合体长性状进行GWAS分析,得到15个与体长关联的SNP,挑选其中3个SNP位点INRA0011611、MARC0076145和H3GA0051838进行AS-PCR验证,结果显示芯片检测结果与AS-PCR检测结果相符。3.对3个生长相关SNP位点对12月龄香猪98份,18月龄香猪123份,24月龄香猪96份,大白猪48份,关岭猪18份,荣昌猪48份、糯谷猪30份、黔北黑猪23份、江口萝卜猪18份和宗地花猪28份样本进行AS-PCR检测。结果显示:位点1在各猪群体中基因型无偏好。大样本关联分析显示该点与24月龄香猪头长呈弱的正相关（0.287>0.200）。位点2位于基因ALDH5A1第7内含子中,香猪群体中主要以G等位基因为优势等位基因,同时关联分析发现该点与18月龄香猪和24月龄香猪头长呈弱的负相关（-0.201>-0.200,-0.310>-0.200）。位点3位于基因TCEAL4上游,大样本验证结果显示在香猪群体中以GG基因型为主,G等位基因为优势等位基因。这些SNP位点功能的进一步研究和了解,对保护从江香猪种质资源,提高香猪养殖业发展速度具有一定借鉴作用。