自然界有性生殖的物种普遍存在性别二态性,即两性在诸多表型特征和生活习性上存在巨大的差异。研究表明,两性在基因组水平上的差异往往仅局限在性别特异的性染色体上,性别二态性大多数由两性共有的性别偏好基因（Sex-Associated Gene,SAG）雌性偏好或雄性偏好的表达所引起。几乎所有的人类复杂性状和疾病表型,都表现出一定程度上的性别二态性。然而,导致绝大多数表型性别差异的SAG仍然未知。目前的性别偏好研究往往局限于单一物种或是项目中,如何证明通过模式生物的疾病模型研究得到的性别偏好影响可以同样作用在人类疾病之中是目前性别偏好研究面临的重要挑战。本课题致力于建立系统识别SAG的标准化流程及平台,从而使跨物种的性别之间的基因表达比较成为可能。本研究手动整理了具有相同条件下成对的雌雄生物样本的公共RNA-seq数据集,并使用标准化方法系统地重新分析了这些数据集。总共从21个物种的2828个样本中系统识别了27793例雌性偏好的SAG和64043例雄性偏好的SAG,包括人类,黑猩猩,猕猴,小鼠,大鼠,牛,马,鸡,斑马鱼,七个蝇类和五个蠕虫种。所有数据都被收录到SAGs的用户友好数据库—性别偏好基因数据库（Sex-Associated Gene Database,SAGD,http://bioinfo.life.hust.edu.cn/SAGD）中,用户可以在其中根据基因,物种,药物和数据集信息浏览SAG。在SAGD中,提供了SAG的表达,注释,靶向药物,同源物,本体论和相关的RNA-seq数据集等信息,以帮助研究人员探索其功能及其在农业和人类健康中的潜在应用。基于这些被系统识别后收录于SAGD的SAG,本研究从三个方向展开了SAG的特征分析:1)从SAGD中选取了人类、大鼠、小鼠、黑腹果蝇和鸡这五个包含多种组织且具有不同性染色体系统的物种,分析发现SAG在不同的组织中表现出不同水平的性别偏好性分布。鸡的所有组织均富集到更多的雌性偏好SAG,其他物种各个组织中的SAG多表现出更多雄性偏好,本文推断SAG的偏好分布可能与性染色体系统有关。2)基于SAGD收录数据中SAG与性染色体的关联信息,本文分析了不同物种中SAG在性染色体上的富集偏好,具有性别偏好性表达的基因在X染色体上呈现少量或过量分布,不同的物种其模式不同,唯一的雌性异配型（ZW/ZZ）的性染色体系统的鸡的SAG在性染色体上的分布偏好也与其他雄性异配型（XX/XY）的性染色体系统的物种不同。本文推测不同性染色体系统,甚至是不同物种面对性选择压力的策略或许有所不同。3)基于SAGD收录的灵长类与哺乳类动物数据,本文还探究了SAG在物种内部和物种间的保守性。分析显示SAG在物种内部相对保守而在物种之间保守较低,这可能表明基因性别偏好与物种密切相关,研究人员需要谨慎对待使用动物模型研究疾病的性别差异。本研究将为探寻性别差异的科研大厦添砖加瓦。在如今大数据的时代,汇集起世界各地致力于研究性别差异的学者们的劳动成果并将之共享,期望这些整理收录的数据不仅仅可以为性别演化的理论研究提供坚实的数据基础,更有助于疾病的性别差异研究,推动精准医疗的发展。