【摘 要】
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冠状病毒是人和动物的重要病原体,目前在世界范围内普遍流行的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）对人类健康危害尤其值得关注。SARS-CoV-2是β冠状病毒属的一个新成员,有研究表明猫对该病毒高度易感,但未见昆明市猫是否携带该病毒或类似病毒的研究报道。同时,猫有自己的α冠状病毒——猫冠状病毒（FCoV）,是引起猫传染性腹膜炎（FIP）的病原,其是否存在与SARS-CoV-2的重组不得而知。本研究对2
【基金项目】
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昆明市科技计划项目“新型冠状病毒感染肺炎科技防治”专项（昆科计字2020-1-H-002号）； 云南农业大学兽医公共卫生省创新团队（202105AE160014）；
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冠状病毒是人和动物的重要病原体,目前在世界范围内普遍流行的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）对人类健康危害尤其值得关注。SARS-CoV-2是β冠状病毒属的一个新成员,有研究表明猫对该病毒高度易感,但未见昆明市猫是否携带该病毒或类似病毒的研究报道。同时,猫有自己的α冠状病毒——猫冠状病毒（FCoV）,是引起猫传染性腹膜炎（FIP）的病原,其是否存在与SARS-CoV-2的重组不得而知。本研究对2021年采集自昆明市的猫样品进行β属冠状病毒和FCoV的核酸检测,并对FCoV核酸阳性样品的S基因片段及基因组序列进行遗传进化分析,期待为猫冠状病毒感染的防控及后续研究提供基础数据。对106份猫粪便及拭子样品,应用基于自行设计引物的RT-PCR扩增检测β属冠状病毒和FCoV,并对性别、年龄、品种、饲养环境、临床症状与FCoV感染进行相关性分析。结果显示,未检测到β属冠状病毒,有54份样品FCoV阳性,且FCoV感染与年龄（p=0.0067）和饲养环境（p=0.0005）有关。使用巢式PCR方法扩增FCoV阳性样品的S基因片段并进行测序分析,同时选取部分阳性样品进行基因组扩增测序和遗传进化分析。结果发现,54份FCoV阳性样品中46份样品S基因扩增及测序成功,其中45份样品为FCoVⅠ型,其核苷酸序列同源性为89.4%-100%,表现出遗传多样性,仅1份样品为FCoVⅡ型,并与中国台湾和美国的毒株亲缘关系较近。获得2条FCoVⅠ型毒株基因组序列YN/KM2021/13和YN/KM2021/35,二者核苷酸序列同源性为91.8%。YN/KM2021/13处于一个单独分支,YN/KM2021/35与黑龙江毒株亲缘关系较近。这两个毒株具有与其他FCoVⅠ型参考毒株一样的S蛋白裂解位点。研究结果表明,昆明市猫群中尚未发现β属冠状病毒感染,但发现猫群普遍存在FCoV感染,且小于1岁龄或多猫家庭饲养的猫更易感,但FCoVⅠ型为主要流行毒株并表现出遗传多样性。
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