藏狐是高原生态系统中重要的组成成分,广泛分布在我国青藏高原地区,并是一种人畜共患包虫病的终末宿主之一,因此,研究藏狐种群动态以及探究藏狐在包虫病传播机制中的地位,对高原生态系统的稳定和人类包虫病传播途径的剖析具有重要的现实价值。宏观生态学对藏狐种群结构的调查具有一定的局限性,而利用分子生物学手段开展藏狐种群结构调查是具有可行性的新的途径。随着分子实验技术的不断发展,微卫星分子标记技术在多个物种的种群遗传学和生态学等领域发挥了重要作用。作为一种共显性的分子标记,微卫星位点在真核生物中分布广泛,而且具有丰富的多态性信息含量,在近缘物种间可以通用,对DNA样品的损耗较少,这些优点使得微卫星分子标记技术的应用更加广泛。本研究利用藏狐的组织DNA构建了藏狐的基因组文库,使用富集法筛选了15个多态性信息丰富且特异性高的藏狐微卫星位点。通过进一步的藏狐个体基因组扩增检测和数据分析显示,这15个藏狐微卫星位点均符合哈迪-温伯格平衡（Hardy-Weinberg equilibrium, HWE）,并且任意两个位点间没有出现连锁不平衡现象（linkage disequilibrium, LD）,这些微卫星位点的平均等位基因数为10.13,平均PIC值为0.6440,具有较高的多态性信息含量。使用本研究所筛选的15个藏狐微卫星位点对36个藏狐个体基因组进行扩增分型,分型结果用软件Cervus3.0和Structure2.3.2分别进行个体识别分析及归类分析,分析结果验证了这15个多态性微卫星位点可以区分36个藏狐个体,并将36个藏狐个体分为2个大群,分群结果符合样品分别来自西藏阿里地区和四川石渠县这两个不同采集地的结果。丰富的多态性、个体识别和归类分析的结果充分说明,这15个藏狐多态性微卫星位点可以应用到藏狐种群遗传学中,在藏狐野外种群结构的调查、种群趋势研究等方面将具有重要的应用价值。