中国榕属植物六个候选DNA条形码的评价

来源 :华东师范大学 | 被引量 : 4次 | 上传用户:chao1028
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榕属植物Ficus Linn.(Moraceae),大约有750种,因生境的多样化和榕-榕小蜂复杂的协同进化历史,使其成为分类学中非常棘手的类群。DNA条形码有望对榕属植物的鉴定带来新的曙光,但尚需筛选评估候选DNA片段。本研究针对榕属植物63种,228个样本,基于5个叶绿体基因片段(rbcL,matK,trnH-psbA,psbK-psbⅠ,atpF-atpH)和1个核基因片段(ITS),计算了遗传距离,单个片段和组合片段的"Barcoding Gap",并构建了系统发育树来检验所选取基因片段物种鉴定的能力。结果表明,各基因片段中ITS具有最多的变异位点,较大的种间变异和种内变异,最高的物种分辨率(72%)和较高的引物通用性;ps6K-psbⅠ和trnH-psbA具有适中的变异率和相对较低的物种分别率(约19%),而matK, rbcL和atpF-atpH不能有效地区分榕属物种。在可能的组合片段中,ITS+trnH-psbA表现最好但物种鉴别率与单独的ITS片段相差不大(75%vs72%)。所以,我们建议以ITS作为榕属植物的DNA条形码。
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