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物种遗传资源是植物品种选育和遗传研究的重要物质基础。我国是核桃的原产地之一，有着丰富的遗传资源，但由于近年来核桃产业不断发展，核桃良种和无性系生产逐步深入和扩大，资源遭受严重破坏，一些适应性强的农家种和野生种逐渐消失，物种有向单一化发展的趋势。因此，利用遗传标记对我国核桃资源进行遗传多样性分析，为资源的保护和利用提供可靠有效的理论依据显得尤为必要和迫切。本研究采用SSR分子标记及表型标记对分布在我国云南省、四川省、河南省、山西省和新疆维吾尔自治区的10个核桃居群（其中4个为铁核桃居群，6个为核桃居群）遗传多态性和遗传结构进行了分析，较系统地揭示了不同居群在遗传多样性水平上的差异及物种的遗传分化情况，主要结果如下：从已报道的32对黑核桃SSR引物中，筛选出适合核桃的8对条带清晰、带型简单且具稳定多态的单位点引物，并建立了核桃最佳PCR反应体系。采用8对SSR引物在10个居群中共检测到73条等位基因，平均每个位点9.25条。有58条等位基因为核桃与铁核桃所共有，另外有7和8条等位基因分别为核桃和铁核桃所特有。居群多态位点百分率P=100％，10个居群的平均期望杂合度（He）为0.663，遗传多样性水平处于中等。居群的遗传多样性高低依次为：其宗＞丽江＞三家村＞盐边＞冕宁＞木里＞栾川＞汾阳＞黑水＞巩留。西南地区的居群相比其它居群显示出较高的遗传多样性。居群间遗传分化(FST=0.261)显示在8个SSR位点，居群间存在较大的遗传分化。而核桃居群的遗传分化值(FST=0.273)要明显高于铁核桃居群(FST=0.073)。说明人为干扰造成的生境片断化限制了居群间的基因流（Nm=0.708）以及生境多样化推动的微进化是形成居群间较高遗传分化的重要原因。核桃与铁核桃在分类学上分属两个种，但UPGMA聚类与Mantel检测结果显示，10个居群的遗传距离与地理距离显示出较大的相关性，说明铁核桃与核桃可能是同一个种的不同地理生态型。对冕宁和黑水两个居群的表型多样性分析结果显示，小叶叶形指数、果壳厚、单果重这3个性状的变异幅度较大，而坚果果型指数（横侧比、横纵比、纵侧比）性状比较稳定，变异幅度较小。冕宁居群8个数量性状的变异系数均高于黑水居群，说明冕宁居群的表型性状遗传多样性要高于黑水居群，这与SSR标记的分析结果基本一致。