“推进国家治理体系和治理能力的现代化”,这是中国共产党第十八届中央委员会第三次全体会议提出的进行全面深化改革的总体目标之一。当前我国的高校秉承培养和教育学生、进行科学研究、提供社会服务等历史使命,同时作为贯彻落实相关法规、实现政府公共政策的重要载体之一,要契合国家治理能力现代化的总体要求,必须率先从加强自身的治理能力建设做起。作为一种管控手段和工具,高校内部控制体系所发挥的作用伴随我国高校教育综合改革进程而越发突出。近年来在高校发生的一些经济案件已引起社会各界的广泛关注,都与高校内部控制体系的不完善有着直接或间接的关系。因此,高校内部控制体系的构建和运行在很大程度上关系着高校治理结构的完善,最终影响着高校长远发展目标的实现。近年来,随着财政部《行政事业单位内部控制规范(试行)》的颁布,行政事业单位内部控制体系的构建和运行逐渐得到了大家的重视,通过梳理相关的文献资料,众多的专家和学者大都对企业的内部控制系统进行了较为详细的研究,但对行政事业单位,尤其是高校这一较为特殊事业单位的内部控制体系研究相对较少。本文从新颁布的《行政事业单位内部控制规范(试行)》具体要求出发,在对高校和高校内部控制的定义、高校内部控制的目标特点进行阐述的基础上,引入委托代理理论、控制论和风险管理理论这三大基础理论,对我国高校内部控制的具体问题进行研究,重点关注高校与经济活动相关的内部控制体系的构建和运行情况,并采用调查问卷、实地访谈和案例分析等研究方法,通过对J大学内部控制体系的现状进行实证研究,试图找出当前高校内部控制体系构建和运行过程中存在的主要问题,并在此基础上尝试给出完善高校内部控制体系的相关建议。