木通属是隶属于毛茛目木通科的植物,有很高的药用价值、营养价值及一定的观赏价值。然而在系统学上对于木通属内部的种间关系尚不明确,其中长序木通叶的形态与木通高度相似,而长花序又似三叶木通,据此,我们提出科学假设,长序木通可能源于三叶木通和木通的杂交,后经过长时间的演化发展为一个独立的物种。随着测序技术的发展,转录组也越来越多应用于系统发育学以及杂交物种形成的研究。本论文运用转录组学的方法对长序木通、白木通、木通和长萼木通四个物种进行转录组测序,基于测得的转录组数据进行直系同源的推导、构建物种树、检验基因流、计算Ka/Ks筛选出正向选择基因等一系列分析对长序木通的物种形成进行了研究。得到结果如下:1.通过对四个物种的转录组测序经过组装后得到Unigene均大于50000条,每个物种的CDS数量均在48000条以上,通过基因注释后结果显示三叶木通转录组和莲基因组的相似性最大,其次是葡萄。2.本文通过直系同源的推导得到了4个物种共有核心直系同源基因4161条,并利用上述直系同源基因构建了系统树,结果显示,长序木通与木通聚在一支,亲缘关系最近,其次是白木通,长萼木通与前三者之间的亲缘关系最远。3.为筛选出正向选择基因,本研究对每个物种对所有Ortholgs的Ka/Ks值进行计算,筛选出正向选择的基因共计175条,并运用Blast2go对其注释,成功注释了145条。4.为了检验长序木通、白木通和木通之间是否存在基因流,本研究将长萼木通作为外类群,通过计算Patterson’s D-statistic值,结果表明长序木通与木通和白木通三者之间互相都存在着显著的基因流。从构建的物种树来看长序木通与木通的亲缘关系更近,与白木通关系相对较远,通过计算D值显示长序木通与木通之间的基因交流相对较少,结合地理分布,我们推测长序木通可能是木通和白木通杂交后与白木通发生基因渐渗形成的新物种。筛选出的正向选择基因注释后显示主要是催化活性和绑定分子功能,参与细胞和代谢过程,通过进一步的分析显示有些基因对花序的长短起着重要的作用,有些与植物的正常生长发育、生物膜的修复以及响应逆境胁迫有关,因而我们推断这些基因和适应性进化有关联。