随着改革开放力度的进一步加大,民营高科技企业作为拥有中国特色的新兴事物,从无到有,从弱到强,规模、实力不断地发展壮大,目前已经成为发展我国高新技术产业的一支新生力量,在我国经济和科技发展中起到越来越重要的作用”。而民营高科技企业多为市场导向、技术导向型、知识密集型企业,因此对于创新型的技术、管理等方面的人才需求很迫切,而企业的人力资本,在市场竞争、企业进步发展中也起到关键作用。针对高科技企业,股权激励在股权结构优化中起至关重要的作用,可以帮助企业提升竞争力、促进创新研发。而研发投入,对企业的创新力提供了有力保障,进而为民营高科技企业提高市场竞争力提供了强大的动力。因此研究创业板高新技术企业的股权结构、研发投入与企业绩效的问题,具有重大意义。本文采用实证与相关案例结合的研究方法,以中国2012-2016年创业板上市企业为研究对象,按要素聚类分析法将该样本分为资本密集型、劳动密集型和技术密集型,基于委托代理理论提出相应的假设,利用分层回归法和分组回归法实证分析股权结构对R&D投入与企业绩效的调节效应。研究结果显示,创新投入会显著提高企业绩效,股权激励和股权集中度在技术密集型和劳动密集型的民营高科技企业对R&D投入与企业绩效具有显著的正向调节作用,而在资本密集型民营高科技企业没有显著的调节效应;股权制衡度在资本密集型和技术密集型民营高科技企业均表现为负向调节,而在劳动密集型民营高科技企业无调节效应。实证结果证明,适度的集权和激励有利于大股东对管理层的监督,有效避免“搭便车”行为,从而提升企业价值。