目的：通过新型农牧区合作医疗政策出台及实施后其对新疆乡镇卫生院运行的影响效果比较，分析目前制约乡镇卫生院发展的关键因素和存在的焦点问题，探讨医疗机构提供卫生服务的供需状况、为合理配置卫生资源、制定相关卫生政策和策略，改善新疆乡镇卫生院卫生服务能力，保证基本医疗服务提供参考客观依据。方法：采用随机分层抽样方法，从全疆最早试点的13个县中，随机抽取6个试点县，在每个调查县中对乡镇按财政收入的高中低分为经济好、中、差分为3个层次，在每个层次中随机抽取1个乡镇卫生院或中心卫生院，共抽取18个乡镇卫生院或中心卫生院的进行调查和数据收集，并对主管卫生工作的县长、乡长、卫生院院长及职能科室管理人员、医务人员及就诊患者进行访谈。结果：（1）基本情况：2009年样本县、乡参合率均接近100%。（2）筹资情况：乡镇卫生院上级拨款总额由2003年的292.77 万元增长至2009年568.51 万元增加了1.94 倍。（3）基础建设情况：乡镇卫生院机构建设规模、主要设备情况基本符合标准。（4）人员情况：卫生人员总量呈增长趋势；学历、职称偏低；专业以临床和护理为主；医护比为1：0.81。（5）收支情况：收入与支出均呈现增长趋势，支出大于收入，结余呈负增长趋势。（6）服务量：除报告的法定传染病例数呈下降趋势外，就诊人次、开展的检查项目、预防保健均呈现增长趋势。（7）农牧民受益情况：样本县各级医疗机构农牧民参合受益均呈增长趋势，2005年至2009年住院补偿增长了20.03个百分点；门诊补偿呈下降趋势。（8）满意度：医务人员总体工作满意度为31.8%；农牧民对乡级医疗机构与村卫生室总体满意度高于县级医疗机构，对新型农牧区合作医疗的总体满意的占77.09%。结论：自治区自2003年实施新型农牧区合作医疗以来，农牧民参合受益率得到了明显提高，并相应缓解了乡镇卫生院服务量低的问题，但卫生人员与服务量二者的增长速度差距较大，卫生人员的增长速度跟不上服务量的增长速度。政府在完善相关卫生政策、促进乡镇卫生机构稳步发展的同时，更应加强其筹资补偿机制和人员的培训，在软、硬件建设到位的基础上使其基本功能发挥到最大。