BmCPV感染对家蚕circRNAs表达的影响及circRNA5655的功能

来源 :苏州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tomjack110
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
随着RNA-seq技术的发展,环状RNA(circRNA)作为一种新式非编码RNA被推至公众视野下。circRNA是通过“头到尾”反向剪接从典型的剪接体中产生的,具有一定的组织和发育阶段特异性。迄今为止,circRNA的一些功能已经得到确认,它能够充当miRNA海绵以调控靶基因表达、参与调控转录过程、与自身mRNA的经典剪接相竞争、与蛋白质互作,并具有编码蛋白的潜能。家蚕是鳞翅目昆虫的典型代表,具有重要的农业和经济意义。家蚕质型多角体病毒(Bombyx mori cytoplasmic polyhedosis virus,BmCPV)能特异地感染家蚕的中肠上皮细胞,引发家蚕中肠型脓病,危害养蚕业。circRNA在调节真核生物的基因表达、调控生长发育和病理进程中发挥重要作用,但是关于家蚕circRNAs表达对BmCPV的感染应答及家蚕circRNAs的功能尚未可知。本研究采用高通测序法测定正常中肠组织(对照)和BmCPV感染的中肠组织(试验)中家蚕circRNAs的表达谱。从对照和试验样品中分别检测到了 9753和7475个circRNAs,其中共表达的circRNAs有6085个,在对照和试验样品中分别有646和737个circRNAs特异性表达。共检测到差异表达circRNAs3638个,其中400个circRNAs差异表达倍数变化≥2.0(p<0.05,FDR<0.05),病毒感染后294个上调,106个下调。通过GO和KEGG富集分析大体上注释了差异表达circRNAs亲本基因的主要功能。基于差异表达的circRNAs与microRNA(miRNA)结合位点之间的相关性分析,构建circRNA-miRNA相互作用网络,推断出了 13个miRNAs与 193 个 circRNAs 间的相互作用。bmo-miR-3389-5p,bmo-miR-745-3p 和bmo-miR-3262 分别与 30,34和 34 个 circRNAs 互作。circRNA8115,circRNA9444,circRNA4553,circRNA0827 和 circRNA6649 分别含有 6、5、4、4和4 个 miRNA结合位点。同时还发现circRN As选择性环化是家蚕的普遍特征,许多家蚕circRN As的junction位点傍侧序列符合典型的GT/AG剪接信号。家蚕 circRNA5655 序列长度为 563bp,由家蚕 histone-lysine N-methyltransferase eggless(LOC101742950)基因的第 9-13 外显子环化而成。RT-qPCR结果显示过表达circRNA5655后其亲本基因LOC101742950的转录水平显著降低,但Western blotting检测结果显示组蛋白甲基化水平却有所升高。细胞免疫荧光结果显示,circRNA5655在核、质中均有分布,而circRNA5655与家蚕NF90蛋白具有非序列依赖性共定位。通过circRNA-miRNA pull down和双荧光素报告系统证实,circRNA5655能够起到bmo-miR-3391-5p海绵作用,从而激活下游靶基因家蚕组蛋白去乙酸化酶Rpd3(Bombyx mori histone deacetylase Rpd3,XM004931383.2)和家蚕神经肽受体 A35(Bombyx mori neuropeptide receptor A35,NM001134279.1)的表达。通过RT-qPCR检测过表达circRNA5655细胞中凋亡相关基因的表达水平,发现过表达circRNA5655可导致家蚕p53样蛋白基因(Bombyx mori p53-likeprotein mRNA,KC243147.1)、家蚕信号转导和转录激活因子STAT基因(Bombyx mori signal transducer and activator of transcription,NM001163 916.1)、家蚕 survivin-1基因(Bombyx mori survivin-1,XM012688679.2)表达水平下调(p<0.05)。流式细胞术显示,过表达circRNA5655促进细胞增殖并抑制细胞凋亡。通过circRNA-proteinpull down和质谱鉴定发现,circRNA5655可能与线粒体硫胺素焦磷酸盐载体、琥珀酸脱氢酶组装因子2-B、动力蛋白β链等蛋白质相互作用。另外,我们还发现过表达circRNA5655对BmCPV增殖复制有抑制作用,但随着circRNA5655浓度的增加抑制减弱。生物信息学分析结果显示,circRNA5655具有m6A甲基化修饰位点(GGACC),并且包含一个跨circRNA5655反向剪接位点的开放阅读框ORF1,可能编码含有122个氨基酸残基的蛋白circR-P122。合成其特异性小肽RRNSVRTNASARSRFAC,并制备兔源多克隆抗血清,用Western Blotting可在家蚕中肠中检测到circR-P122蛋白的表达。BmN细胞和家蚕中肠组织的免疫荧光结果显示,circR-P122主要定位于细胞质中。Western blotting结果显示,过表达circR-P122蛋白后组蛋白甲基化水平有所抑制。
其他文献
随着人们对基于位置服务的需求尤其是基于室内定位的服务需求的不断增长,以及Wi-Fi通信技术的快速发展,基于Wi-Fi的室内定位技术成为了一个研究热点。在基于Wi-Fi的定位技术
目的:探讨rt-PA静脉溶栓后缺血性卒中病人血浆脑钠肽(brain natriuretic peptide,BNP)水平与短期功能预后和神经功能缺损严重程度的相关性及意义。方法:分析我院2014年3月至2
在日益复杂的工程建设项目中,不确定性对工程项目的影响范围越来越广,影响程度越来越大。基于混合随机工时的网络计划与工程项目实际更为贴合,其中对于随机时间参数和随机工期的计算,是对工程项目进度优化和实施过程中进度管理的科学依据。通过计算各工序的完工风险和项目工期的完工风险,对工程项目完工风险开展研究,以便对工程项目完工风险进行风险处理和监督。文章采用正态分布、两点分布、三角分布、均匀分布和β分布概率分
本文旨在研究使用外来语的俳句的翻译法。作为研究对象,选择了有马朗人出版宣传“正宗海外俳句”的句集《鹏翼》。目的在于探究使用外来语的俳句之翻译法,为之后的翻译提供帮助。而在研究过程中,首先出于诗歌翻译的考虑,选择了安托瓦纳贝尔曼的翻译变形理论,选用了“一词加一句”的翻译方法。而在进行了初次试译后,通过问卷调查的形式,调查翻译效果。然而效果并不理想,译文没有得到调查对象的认可。反思原因发现问题出在没有
认知语言学认为,语言的组织基于人类的认知方式。任何一国的母语使用者对于相同的事态均有多种把握、表达的能力,但偏好各有不同。翻译活动也是一种语言组织活动,所以在翻译时译者也应该遵循各自的语言表达喜好。因此,从认知语言学的角度也可以考察翻译的得当与否。本翻译实践报告以〈李陵〉的汉译为考察对象,选取列举了理解不足导致的误译、汉语表达不自然的不适译和内在关系不明确的不适译这三类问题例句。这些问题例句均采用
近年,随着中国经济的发展,提高中国文化软实力也成了不可阻挡的趋势。“中国文化走出去”的口号越来越响亮。文学是反映中国文化的一个重要方式,理解中国文学作品对理解中国文化具有重要意义。而中国文学作品中一般会出现较多的文化负载词,如果不理解这些文化负载词,就有可能看不懂中国文学作品,进而影响中国文学作品的传播。莫言是中国第一位获得诺贝尔文学奖的作家。《蛙》是莫言长篇小说的代表作之一,被誉为莫言创作生涯中
目前,中国面临着严峻的环境问题,人们生存面临着威胁,国家出台多方面政策,推动清洁的可再生能源替代常规的石化能源,政策的驱动让新能源企业快速的发展,技术也随之快速的更新
项目的进度管理是项目管理中非常重要的部分,它是项目能否成功并发挥效益的关键。进度控制是进度管理的重要内容,它的研究为企业有效控制项目进度提供了支撑,并起到通过控制
随着中国教育部《大学英语教学指南》的出版,我们的大学英语教学到了一个关键期。在我们努力建设世界一流大学和一流学科(“双一流”)的过程中,英语教学也面临着挑战——教师
胃肠道疾病是常见的临床上疾病,当今社会死亡率很高,所以针对胃肠道疾病的诊查也显得尤为重要。随着MEMS技术和现代工程医学技术的发展,胃肠道诊查系统在临床医学方面有着广