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棉花立枯病是我国发生较为普遍的棉花病害之一，严重影响着棉花产量。为筛选高效防病药剂，有效控制该病的发生为害。2012年从三坪农场及石河子等地棉田采集典型的棉花立枯病病苗及棉田土样，通过组织分离、土壤直接分离及形态鉴定获得76个立枯丝核菌菌株。在此基础上进行了融合群判定，及针对各融合群的一系列药剂筛选。最后筛选出2种对棉花立枯丝核菌主要融合群及所有融合群高毒力，对棉花立枯病高防效的杀菌剂，为高效防治棉花立枯病奠定基础。分离纯化结果表明：采用组织分离法及土壤直接分离法均能比较容易地分离到引起棉花立枯病的立枯丝核菌，其中从病株上分离获得立枯丝核菌的比率明显高于土样的分离比率。融合群判定结果表明：棉田立枯丝核菌的融合群组成包括AG1、AG2、AG4、AG5，其中，AG4为棉田优势种群（约占所有融合群菌株数的58%）。抑菌圈实验结果初步表明：12种防治棉花立枯病用药对棉花立枯丝核菌的主要融合群（AG4）均有明显的抑菌作用，但抑制作用大小有明显差异。12种药剂中甲基立枯磷、GJJ、 BL、卫福、代森锰锌、百菌清等药剂抑菌作用较好。毒力测定结果表明：9种药剂对立枯丝核菌的毒力大小差异显著，同一种药剂对不同融合群的毒力亦有显著差异；9种药剂中有4种药剂（GJJ、甲基立枯磷、BL、卫福）对立枯丝核菌所有融合群的平均毒力及对棉花立枯病菌主要融合群（AG4）的毒力较大，EC50小于3mg/L；其他5种药剂对立枯丝核菌所有融合群的平均毒力及对棉花立枯病菌主要融合群（AG4）的毒力相对较小；所有药剂对立枯丝核菌不同融合群的毒力均有显著差异。田间验证结果表明：在采用药剂推荐使用量中间值的情况下，4种杀菌剂在田间自然状态及田间人工接菌条件下，对棉花立枯病均有较好的防病效果，防效在62%～85%之间。4种杀菌剂中GJJ防效最好，甲基立枯磷次之，两者在自然发病条件下的防效均在80%以上，对棉花立枯病具有高效防病作用。