LncRNA-AF117829.1在重型再生障碍性贫血免疫发病机制中的作用研究

来源 :天津医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:sihuajian
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的1.本研究应用RNA-seq技术检测初治重型再生障碍性贫血(Severe aplastic animia,SAA)患者、正常对照外周血CD8+T细胞中的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和信使RNA(messager RNA,m RNA)的表达变化。通过生物信息学,分析差异表达lncRNAs的作用靶基因,基因本体(Gene Ontology,GO)功能注释及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析靶基因参与的关键生物学过程及信号通路。以进一步验证并阐明关键lncRNA在CD8+T细胞激活过程中的作用,为完善SAA的免疫发病机制及探索新的治疗靶点提供依据。2.探讨免疫相关性全血细胞减少症(Immune-related pancytopenia,IRP)患者中CD56bright自然杀伤细胞(CD56bright NK)的数量、功能变化及其在IRP免疫发病机制中的作用并探索NK细胞高效的体外扩增培养方法,为研究NK细胞免疫治疗奠定基础。方法第一部分:应用高通量组学方法检测初治SAA患者及正常人外周血CD8+T细胞中m RNAs及lncRNAs的表达变化,并对差异表达的m RNAs进行GO及KEGG聚类分析,分析m RNAs可能参与的关键生物学功能及信号通路。同时对筛选得到的差异表达的lncRNAs进行靶基因预测,并对靶基因进行GO和KEGG分析,由此预测lncRNA可能调控的功能。第二部分:qRT-PCR验证筛选得到的关键lncRNAs及其预测调控的靶基因m RNAs的表达变化。应用流式细胞术(FCM)检测SAA患者中CD8+T中的穿孔素、颗粒酶B的表达水平。将差异表达lncRNAs与穿孔素、颗粒酶B的表达水平做相关性分析,将lncRNA-AF117829.1表达水平与患者临床指标做相关性分析。第三部分:应用慢病毒载体过表达SAA患者及正常对照CD8+T细胞内lncRNA AF117829.1水平,RT-PCR检测过表达后CD8+T细胞内lncRNA AF117829.1和m RNA RIP2的水平变化;流式细胞术检测过表达后CD8+T细胞内穿孔素和颗粒酶B的表达变化及凋亡水平变化。Western-blot检测过表达后RIP2信号通路蛋白水平的变化。第四部分:应用RIP2激酶抑制剂GSK583体外干预SAA患者外周血CD8+T细胞,Western blot检测GSK583干预后RIP2信号通路蛋白的表达变化;流式细胞术检测GSK583干预后CD8+T细胞内穿孔素和颗粒酶B的变化水平及凋亡水平变化。第五部分:流式细胞术(FCM)分析IRP患者免疫抑制治疗(IST)前后外周血CD56bright NK细胞数量及功能的变化。流式细胞术检测CD56bright NK细胞表面活化性受体(NKG2D、NKp46和NKp44)、抑制性受体(NKG2A、CD158a和CD158b)及穿孔素、颗粒酶B的表达。ELISA法检测血清中IL-2、IL-18水平。并分析NK细胞数量功能变化与IRP患者临床指标的相关性。第六部分:免疫磁珠分选6例IRP患者外周血中的NK细胞,在重组Il-2和IL-5的基础上联合NK细胞扩增剂进行NK细胞扩增。流式细胞术检测NK细胞培养前后活化性受体NKG2D和NKp46及抑制性受体CD158a和NKG2A的表达水平变化。结果第一部分:1.应用RNA-seq技术对初治SAA患者和健康对照者CD8+T细胞的lncRNAs及m RNAs表达谱进行分析(差异满足2倍,P小于0.05),共有2099个m RNAs的表达发生变化(1104个m RNAs表达上调,995个m RNAs表达下调)。GO分析结果提示差异m RNAs大多参与催化、转导活性、分子功能调节、细胞代谢、免疫系统等生物学过程。KEGG结果显示差异表达的m RNAs主要富集到JNK信号通路、RAS信号通路、NOD2/RIP2信号通路以及MAPK等信号通路。共有194个lncRNAs的表达发生变化(107个lncRNAs表达上调,87个lncRNAs表达下调)。生物信息学预测差异表达lncRNAs的作用靶基因及其参与的关键生物学过程和信号通路,GO结果显示差异表达lncRNAs多与细胞器成分、催化活性、对刺激的反应、细胞内外信号转导、代谢过程等生物学过程有关;KEGG结果显示差异表达lncRNAs多与泛素介导的蛋白质组学、抗原处理和呈递、NOD等信号通路有关。第二部分:本研究中lncRNA AF117829.1的预测靶基因为RIP2,其中m RNA RIP2满足高通量组学检测差异表达条件(差异满足2倍,P小于0.05)。qRT-PCR检测lncRNA AF117829.1在初治SAA患者中表达减低,m RNA RIP2的表达水平增高,结果与基因芯片结果一致。同时Western-blot检测RIP2信号通路相关蛋白发现明显升高。LncRNA AF117829.1与穿孔素,颗粒酶B的表达水平呈明显负相关,与临床指标呈明显相关性。第三部分:慢病毒过表达SAA患者CD8+T细胞中lncRNA-AF117829.1后,通过qRT-PCR检测m RNA-RIPK2的表达水平,发现较对照组表达降低;流式检测发现CD8+T细胞的穿孔素、颗粒酶的表达水平降低;Western blot结果显示RIP2信号通路相关蛋白表达水平减低。第四部分:GSK583体外干预SAA患者外周血CD8+T细胞后,Western blot检测发现RIP2信号通路相关蛋白减低,流式细胞术检测发现CD8+T细胞的穿孔素、颗粒酶B表达水平降低。第五部分:初治IRP患者外周血中CD56bright NK细胞比例显著高于正常对照组,其表面NKG2D表达水平高于正常对照组,CD158a表达水平低于正常对照组。初治IRP患者外周血中CD56bright NK细胞比例与颗粒酶B乘积明显高于对照组。同时,初治IRP患者血清中IL-2、IL-18水平均高于正常对照组。第六部分:NK细胞扩增剂联合重组IL-2、重组IL-15可在保持NK细胞纯度基础上增加NK细胞数量。IRP患者NK细胞扩增前后NKG2D、NKp46、NKG2A、CD158a的表达水平无明显变化。结论1.从组学层面系统描述了lncRNA以及m RNA的表达变化及其可能参与的生物学功能及信号通路,其中SAA中CD8+T细胞中lncRNA AF117829.1的低表达可能通过促进靶基因RIP2表达而调控CD8+T细胞的功能,进一步了解SAA免疫发病的分子机制,为SAA的诊断和治疗提供潜在的靶点。2.IRP患者外周血CD56bright NK细胞数量增加、功能亢进,可能在IRP的发病机制中发挥重要作用。3.NK细胞扩增剂联合重组IL-2、重组IL-15的扩增方法可在保持NK细胞纯度基础上增加NK细胞数量,对NK细胞功能无明显影响,为研究NK细胞免疫治疗奠定了基础。
其他文献
背景及研究目的:重症酒精性肝炎(SAH)多发生在酒精性肝炎或酒精性肝硬化基础上,临床上可出现肝衰竭或失代偿的表现,并发症多,短期病死率高。本研究的目的为:(1)比较不同肝病基础对SAH患者预后的影响以及不同预后评分对其短期预后评估的优劣;(2)探寻血中性粒细胞/淋巴细胞比率(NLR)在酒精性肝硬化患者合并SAH中感染的预测价值;(3)筛选SAH合并慢加急性肝衰竭(ACLF)患者90天预后的主要危险
[目的]类风湿关节炎(Rheumatoid arthritis,RA)是一种常见的以滑膜炎症为特征的慢性自身免疫性疾病。然而,RA的病因和潜在的分子事件尚不清楚。在此,我们应用生物信息学分析来识别RA中涉及的关键基因和miRNA。越来越多的证据表明,miRNA可以通过多种生物学过程调控RA的发病机制。miR-496已被发现是多种疾病的重要分子。但其在RA中的作用及机制尚未阐明。[方法]从GEO(G
动脉粥样硬化是一类慢性进行性炎症性疾病,其好发于血管的分叉处及弯曲处,这些部位的血流形式主要是不稳定的湍流,其不规则的血流分布导致血管内壁受到不均一的剪切力,进而影响血管的功能。血管内皮细胞作为血液和血管壁之间的单层细胞,能够感受血流剪切力,当内皮细胞受到高剪切力或者层流的刺激时,相关基因或蛋白的表达会起到抗动脉粥样硬化的作用;相反,内皮细胞感受低剪切力或者湍流的刺激时会介导炎症反应,导致动脉粥样
研究目的:杯状细胞是肠道负责分泌黏蛋白和形成肠黏膜层的主要细胞,肠黏膜是抵御肠腔内物理和化学刺激损伤的第一道防线。杯状细胞和黏膜层的缺失或功能障碍与肠道感染、炎症性肠病、囊肿性纤维化和粘液性腺癌发生密切相关。其中,微生物、肠黏膜、肠道上皮细胞和肠道免疫系统的相互调控是维持肠道内环境平衡的最重要的因素。然而目前缺乏可供研究它们之间相互作用关系的体外模型。肠黏膜屏障的破坏是多种肠道疾病共同的病理学基础
既往我们研究发现,血红素氧合酶-1(HO-1)在内毒素急性肺损伤(ALI)中发挥重要内源性保护作用,但作用机制远未阐明。内质网应激(ERS)介导的细胞凋亡可能是参与肺损伤发病的重要环节,而HO-1对肺损伤时ERS调控作用及机制尚不清楚。为此,本研究主要探讨ERS介导的细胞凋亡在HO-1保护内毒素ALI中的作用及可能机制。为了探讨HO-1对内毒素急性肺损伤内质网应激介导细胞凋亡的作用及可能机制,我们
目的:骨髓增生异常综合征(Myelodysplastic Syndromes,MDS)是一种造血干细胞恶性克隆性疾病。主要发病机制是患者体内恶性克隆细胞增多和细胞免疫耐受。MDS患者体内调节性T细胞和髓源性抑制细胞(MDSCs)的免疫调节功能亢进,IL-10、TGF-β等细胞因子的表达增加,以及高表达免疫检查点蛋白(ICP,如PD-1、TIM3、CTLA-4等)均可导致机体细胞免疫耐受。PD-1和
目的:肺动脉平滑肌细胞(PASMCs)和血管周围炎症是促肺动脉高压(PAH)疾病发展的关键因素。PAH的病理生理学特征是PASMCs过度增殖引起肺血管重构,缺氧是造成PAH的主要诱因。目前PAH的潜在机制仍不清楚。长链非编码RNA(lnc RNA)是许多病理生理过程的关键调节因子,包括但不限于细胞功能调节、免疫和炎症反应以及血管生成。关于lnc RNA异常表达水平与PAH发生发展关系的深入的机制研
目的:动脉粥样硬化(Atherosclerosis,AS)引发的心血管疾病的发病率和死亡率居高不下,严重威胁着人类健康。泡沫细胞作为AS病变形成的重要病理标志,广泛存在于病变的各个阶段,在AS发生发展中起着至关重要的作用。血管平滑肌细胞(Vascular smooth muscle cell,VSMC)是泡沫细胞的重要来源,但其形成机制目前尚不完全清楚。新近研究显示,转录因子c-Fos(FBJ o
目的 观察化痰祛湿活血方对油酸诱导的脂肪变HepG2.2.15细胞LXRα/SREBP-1c/FAS信号通路的影响,及对恩替卡韦抗病毒作用的影响。方法 将脂肪变HepG2.2.15细胞分为6组:模型组、西药组、中药组、联合组、激动剂组、激动剂+联合组。模型组加入空白组大鼠血清,西药组、中药组、联合组分别加入各组含药血清,激动剂组加入LXRs激动剂,激动剂组+联合组加入LXRs激动剂及联合组大鼠含药
目的通过重组可溶性小鼠肿瘤坏死因子相关的凋亡诱导配体(Tumor necrosis factor-related apoptosis inducing ligand,TRAIL)干预治疗免疫介导的SAA模型小鼠,观察其对SAA小鼠模型疗效;探索并建立CD8+T细胞体外刺激培养体系,分析探讨重型再生障碍性贫血(Severe aplastic anemia,SAA)中TRAIL对CD8+T细胞功能的影