硅藻的形态分类主要以其硅质壳为依据,但是,当环境条件发生变化时,硅质壳可能也会发生一些变化,或者因为其他原因产生一些变形。对于分类学家而言,这是一个巨大的挑战。分子分类是一种利用标准化基因或非编码区的特殊DNA序列来识别未知个体的方法。其优点在于能快速准确的对硅藻进行鉴定,且不受硅藻变形,显微镜设备等的影响。硅藻在海洋中具有重要的生态地位,对其进行准确且快速的分类是开展其他工作的基础。我们在这里研究了基于分子序列的鉴定方法,选取了新的DNA条形码,18S rDNA引物序列为:上游引物5′-GATGGATCATTCAAGTTTCTGCCC-3′;下游引物 5′-ATCATTACCTCGGTGCGCAAACC-3′。rbcL引物序列为:上游引物 5′-CAACCAGGTGTAGATCCAGTAG-3′;下游引物:5′-GAAACGTTCTCTCCAACGCATG-3′。利用已通过光学和扫描电子显微镜（LM和SEM）鉴定完成的近15种硅藻种类,获得其18S rDNA和rbcL序列,为这些硅藻建立了一个特异的DNA鉴定分子数据库。这些硅藻涉及了以下几个属:Thalassiosira;Skeletonema;Coscinodiscus;Ditylum;Chaetoceros;Falcula;Melosira;Licmophora;在多基因系统发育中分析了这些硅藻的分子序列后,我们发现分子数据比对结果与形态鉴定结果几乎是一致的。证明本研究中选取的DNA条形码可以在硅藻分子鉴定方面使用,为硅藻鉴定提供参考。接着利用设计的引物和选取的DNA条形码对21个未知硅藻进行鉴定,结合形态观察,可为硅藻的定种提供一个比较有利的参考。同时对四种已形态定种的硅藻进行了分子测序,发现分子序列的分析结果和形态结果几乎一致。结果表明本研究选取的两段基因序列均可以作为DNA条形码为硅藻的分类鉴定提供参考。最后,将本文测得的18S rDNA序列,rbcL和psbC序列从碱基组成,序列鉴定结果准确度等各个方面进行了横向比较,结果证明,本研究选取的三段序列中,相对比18S rDNA序列和psbC序列,rbcL序列是更适合硅藻鉴定的分子标记。