利用生物信息学分析持续性房颤和射血分数降低的心力衰竭的差异基因表达谱

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背景和目的:心房颤动(房颤,AF)和心力衰竭(心衰,HF)是两种常见的心血管疾病,是21世纪心血管疾病领域中尚未被攻克的两个“堡垒”。随着房颤和心衰的危险因素变得更加普遍,以及全球人口老龄化的到来,两者的患病率继续呈上升趋势,患者生活质量和运动耐量降低,再住院率和全因死亡率增加。既往研究表明,两者的发病是由多细胞、多通路参与的复杂过程,但因患者的心肌组织标本较难获得,既往报道例数较少,结果不一,两者发生发展的具体分子机制尚不完全明确。本研究分别对持续性房颤(Pe AF)和左室射血分数降低的心力衰竭(HFrEF)患者心肌组织的差异基因表达谱进行大数据分析,以期为Pe AF和HFrEF发病机制的阐释,两者分子层面的内在关系,以及早期预防、诊断以及治疗靶点的筛选提供依据。方法:利用NCBI旗下的基因表达数据库GEO,获取Pe AF及HFrEF相关的数据集。对原始数据预处理后进行t SNE分析,层次聚类分析以及基因集富集分析,并通过差异基因的筛选,分别确定Pe AF与HFrEF的差异表达基因(DEGs),并利用GO和KEGG数据库对DEGs的生物学功能和途径进行富集分析,以及使用蛋白-蛋白相互作用(PPI)数据库STRING来评估差异基因之间的生物学相关性。结果:1、共有539个AF相关DEGs,其中387个基因表达上调,152个基因表达下调。这些基因主要涉及心肌组织发育、成纤维细胞增殖调控、MAP激酶活性的调节、丙酮酸代谢和细胞外基质的调控等。KEGG分析发现上调的基因集主要富集于m TOR信号通路、Toll样受体信号通路、细胞外基质受体相互作用、粘附斑、趋化因子信号通路和细胞周期等过程;下调的基因集主要富集于Erb B信号通路、Hedgehog信号通路、Wnt信号通路和钙信号通路等过程。PPI网络分析结果显示,CDH2、PDGFA、ITGA6、COL1A1、EGFR、FGFR2、ERBB3及WNT5A等可能在AF发生的蛋白表达调控机制发挥重要的作用。2、共有49个HFrEF相关DEGs,其中30个基因表达上调,19个基因表达下调,这些基因通过参与组织纤维化,细胞基质粘附调控,代谢调节,炎症反应等与HFrEF的发生发展密切相关。KEGG分析发现上调的DEGs主要富集于WNT信号通路,钙信号通路,氧化磷酸化,抗原处理及呈递,细胞粘附分子、细胞外基质受体相互作用等过程;下调的基因集主要富集于Erb B信号通路,血管内皮生长因子信号通路,MAPK信号通路,花生四烯酸代谢等过程。PPI网络分析结果显示,PTN、POSTN、LUM、NPPA、CCL2、SERPINE1等关键基因,可能在HFrEF发生的蛋白表达调控中发挥重要的作用。3、Pe AF和HFrEF两者共有3个共同的DEGs:LTBP2、HAPLN1和CRYM。KEGG分析发现,HFrEF和AF心肌组织中同时上调的基因集主要富集于细胞外基质受体相互作用、病毒性心肌炎、抗原处理及呈递,两者同时下调的基因集主要富集于Erb B信号通路。结论:通过芯片数据的生物信息学分析发现,CDH2、PDGFA、ITGA6、COL1A1、Y WHAZ、CXCR4基因的上调,以及EGFR、FGFR2、ERBB3、WNT5A基因的下调可能对Pe AF的发生发展起关键作用;PTN、POSTN、LUM、SFRP1、FMOD、NPPA基因的上调,以及CCL2、CD163、SERPINE1、S100A8基因的下调可能对HFrEF的发生发展起关键作用;LTBP2、HAPLN1以及CRYM基因的上调,以及Erb B信号通路的下调,可能在两者的共存中起关键作用。
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