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黄瓜是一种重要的蔬菜作物，品种资源较为丰富，利用分子标记进行黄瓜资源鉴定和分类、构建分子遗传图谱和基因定位方面已取得一定进展，目前应用的分子标记主要包括RAPD、AFLP和SSR，尚未见有关于ISSR标记在黄瓜上的研究报道。ISSR主要是由单一引物且以重复序列为主要引物序列的PCR标记，其反应条件受模板DNA、Taq DNA聚合酶、Mg^2＋、dNTPs和引物等因素的影响。正交试验设计能明确各因素问的互作效应，建立最优化的反应体系。本研究利用这一方法，从Taq酶、dNTPs、引物、Mg^2＋4种因素各3个