Development of Fok-I based nested polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism

来源 :World Journal of Gastroenterology | 被引量 : 0次 | 上传用户:liongliong602
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AIM: To develop a Fok-I nested polymerase chain reaction(PCR)-restriction fragment length polymorphism analysis(PRA) method for the detection of hepatitis B virus X region(HBx) V5 M mutation.METHODS: Nested PCR was applied into DNAs from 198 chronic patients at 2 different stages [121 patients with hepatocellular carcinoma(HCC) and 77 carrier patients]. To identify V5 M mutants, digestion of nested PCR amplicons by the restriction enzyme Fok-I(GGA TGN9↓) was done. For size comparison, the enzymetreated products were analyzed by electrophoresis on 2.5% agarose gels, stained with ethidium bromide, and visualized on a UV transilluminator.RESULTS: The assay enabled the identification of 69 patients(sensitivity of 34.8%; 46 HCC patients and 23 carrier patients). Our data also showed that V5 M prevalence in HCC patients was significantly higher than in carrier patients(47.8%, 22/46 patients vs 0%, 0/23 patients, P < 0.001), suggesting that HBx Ag V5 M mutation may play a pivotal role in HCC generation in chronic patients with genotype C infections.CONCLUSION: The Fok-I nested PRA developed in this study is a reliable and cost-effective method to detect HBx Ag V5 M mutation in chronic patients with genotype C2 infection. AIM: To develop a Fok-I nested polymerase chain reaction (PCR) -restriction fragment length polymorphism analysis (PRA) method for the detection of hepatitis B virus X region (HBx) V5 M mutation. METHODS: Nested PCR was applied into DNAs from 198 chronic patients at 2 different stages [121 patients with hepatocellular carcinoma (HCC) and 77 carrier patients]. To identify V5 M mutants, digestion of nested PCR amplicons by the restriction enzyme Fok-I (GGA TGN9 ↓) was done. For size comparison, the enzyme treated products were analyzed by electrophoresis on 2.5% agarose gels, stained with ethidium bromide, and visualized on a UV transilluminator. RESULTS: The assay enabled the identification of 69 patients (sensitivity of 34.8%; 46 HCC patients and 23 carrier patients ). Our data also showed that V5 M prevalence in HCC patients was significantly higher than in carrier patients (47.8%, 22/46 patients vs 0%, 0/23 patients, P <0.001), suggesting that HBx Ag V5 M mutation may play a pivotal role in HC C generation in chronic patients with genotype C infections. CONCLUSION: The Fok-I nested PRA developed in this study is a reliable and cost-effective method to detect HBx Ag V5 M mutation in chronic patients with genotype C2 infection.
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