我国双主体办学治理存在机构、制度、工具不健全,管理行政化倾向明显,社会参与度低,利益冲突严重等问题。为此,从宏观治理和院校治理两个层面,提出多元协作的宏观治理理论和"双元共治"院校治理理论。多元协作的宏观治理理论认为,要建立中央政府、地方政府、社会组织、企业、学校和个人等多主体共同参与的权力中心,通过立法建章、实施依法治理,加强社会组织建设、实施民主管理,加大财政投入、激励行业企业积极参与双主体办学,通过建立契约与标准、实施报告与督导制度等,规范办学秩序并监控办学质量等四个途径,构建责任分担机制、条件保障机制、利益表达机制、监控问责机制,实现双主体办学的宏观善治。"双元共治"院校治理理论则根据企业与学校合作的性质,提出了公司型职业院校"双元共治"治理结构和非营利性职业院校"双元共治"治理结构,以校企共同治理为基础,在院校内形成决策、执行与监督相互分离又相互协调的权力运行机制。