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在现有立体轨道式电动小车集装箱码头传送系统网络方案基础上，根据前期工作中，得到的优化仿真模型中码头传送设备的最佳配比和运行参数，采用混合FlowShop调度策略对立体轨道式码头传送系统进行优化策略研究，提出了调度策略模型，对FlowShop时间算法进行了改进。结合遗传算法对该调度策略进行仿真。仿真分析结果表明了该调度策略的有效性，对立体轨道式码头传送系统的实现和投入生产有一定的参考意义。