虽然王后地位尊贵，但是作为嫁到新教国家的天主教公主，都必将身处政治、宗教斗争的风口浪尖。她们无法参加国教的礼拜，不会被正式加冕为王后，只能在自己的宫廷内设立天主教礼拜堂。
　　查理一世在位时，英格兰刚刚经历了“无敌舰队”和“火药阴谋”，当时的民众普遍相信国内外的天主教教徒处心积虑地要让英格兰回到罗马教廷的统治之下。笃信“君权神授”的查理一世与议会发生了激烈的冲突，反对他的人便抓住其王后亨利埃塔·玛丽亚的宗教信仰大做文章，称王后居住的萨默塞特宫是“教皇党阴谋”的司令部，宫中有耶稣会士出谋划策，而王后则操纵查理一世，企图在政治上建立专制统治，在宗教上复辟天主教。
　　其实，亨利埃塔，玛丽亚不过是支持、维护丈夫的权威，放松对天主教教徒的迫害仅是她的次要目标， “复辟天主教”更是少数天主教狂热分子的一厢情愿而已。
　　在查理一世与议会爆发内战之后，亨利埃塔，玛丽亚于1642年，以带长公主玛丽去荷兰联姻的名义，到欧洲大陆为丈夫的事业奔走。她用自己的珠宝首饰作抵押，借到了超过十万英镑的贷款和大量武器。
　　一年后，亨利埃塔·玛丽亚回到英国，与查理一世在陪都牛津团聚，但由于担心议会军攻陷牛津，身怀六甲的亨利埃塔·玛丽亚不得不于1644年带着儿女流亡法国。她这一走与丈夫竟成永别：1649年2月9日，查理一世被议会判决处死。
　　查理二世的王后凯瑟琳与查理二世的关系远不如公婆那般亲密，娘家也没什么势力，干政更是无从谈起。即便如此，作为天主教教徒的凯瑟琳也没逃脱“教皇党阴谋”的指控。
　　1678年，一个名叫泰特斯·奥茨的无赖声称，他发现“教皇党徒”企图谋杀查理二世，拥立已经改宗天主教的王弟詹姆士，并引外国军队入侵英国。这一“阴谋”纯属子虚乌有，却引发了1679年到1681年的“排斥法案危机”，将英国再次带到了内战的边缘。
　　这场政治风波虽然旨在阻止詹姆士继承王位，却将矛头直指凯瑟琳。她所居住的萨默塞特宫再次被描绘成“教皇党徒”的大本营：奥茨声称凯瑟琳及其私人医生打算给查理二世下毒；参与调查“教皇党阴谋”的伦敦官员戈弗雷爵士后来神秘遇害，凯瑟琳的一名仆人被当作嫌疑人投进了监狱。有人建议查理二世干脆与不能生育的凯瑟琳离婚另娶，但查理二世在这种大是大非面前没有一渣到底，坚决回绝了这一提议。
　　这场危机以查理二世的胜利告终，但凯瑟琳的遭遇也充分表明，只要有天主教教徒在宫中，不管她是高调活跃还是不问政事，都会扣动英国教派政治的敏感神經。后来1701年的《王位继承法》规定，天主教徒的配偶不得继承王位，这一条文直到2013年才被修改。