一体化的深入推动着"欧盟政府"的架构日渐成形,但欧盟层面行政决策权的行使机构仍然是一个需要明确的问题。《里斯本条约》对欧盟委员会"行使行政管理职能"和欧洲理事会"确定政治方向"的规定非但没有给出答案,反而使其更为扑朔迷离。事实上,在欧盟层面的机构运作中已形成了欧委会和欧洲理事会以共享政策动议权为基础的行政决策模式:欧洲理事会行使着欧盟的行政决策权力,欧委会则逐渐演变为欧洲理事会的秘书处和执行机构。由于欧盟内部民主合法性和政治权威主要来自成员国,这种不同于条约文本规定的行政决策模式具有一定意义上的合理性,但其结果是行政权在欧盟和成员国两个层面都得到实质性扩大,对行政权的民主控制和监督也被弱化。此外,该模式更进一步产生了欧委会的角色异化和小成员国被边缘化却无法得到制度救济的问题,从而对欧洲一体化的深化形成障碍。从根本上而言,这种名实之间的紧张关系是成员国对一体化的承诺与对一体化深度的接受度之间形成张力的结果。