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2007年12月，水利部决定依托南京水利科学研究院成立水利部应对气候变化研究中心。这是水利部依托南京水利科学研究院成立的又一部级研究或管理中心，此前，水利部依托南京水利科学研究院已经成立了水利部大坝安全管理中心、水利部基本建设工程质量检测中心和水利部南京计量检定中心等。应对气候变化研究中心依托南京水利科学研究院成立,必将使南京水利科学研究院的科学研究事业再上新的台阶。