书院，是中国古代的教育机构，有别于官学的教育系统，是唐宋至明清出现的一种教育模式，也是私人或官府所设的聚徒讲学、研究学问的场所。它对古代和近现代教育产生了很大的影响。
　　南菁课程旨归：开放办学
　　创办于清光绪八年（1882）的南菁书院，之所以称为“中国名学”，成为清代学术和传统书院文化的一个优秀代表，缘于其开放的办学理念和专业的课程旨归。后人一般认为校名源自朱熹的“南方之学，得其菁华”，其实未必完全符合创办人的初衷。依笔者揣摩，南菁以培育如“菁菁者莪”的菁英为办学目标，此语取自《诗经》，体现了企望君子长育人才的喜悦心情，英才之盛犹如一幅萝蒿满地、青绿繁盛的春天胜景。
　　清代“清流”黄体芳（1832—1899）是南菁书院的创办人，其教育思想隐约于其为藏书楼撰写的名联之中。此联气势豪迈，胸襟博大，可知瑞安先生并非偏狭之人，汉宋相融，其学识胸怀和教育视野是何等的开放：
　　东西汉，南北宋，儒林文苑，集大成于二先生，宣圣室中人，吾党未容分两派;
　　十三经，廿四史，诸子百家，萃总目之万余种，文宗江上阁，斯楼应许附千秋。
　　黄以周不仅是南菁書院的创始人之一，还主持书院长达15年之久，更是南菁学术的“灵魂”。对于书院教育资源和课生知识结构，他如此阐释：
　　夫学必先之以博文，犹木有枝叶也。学必继之以约礼，犹木有菁华也。今之言学者，空谈玄妙，直以《诗》《书》为糟粕，是欲求菁华而先翦其枝叶，菁华终不可得也。或又孜孜于辞章故训，不复进窥乎大道，是误以枝叶当菁华，又不知枝叶之未可持也。
　　显然，多元课程的融合与“先博后约”的课程策略，是南菁书院的核心教育理念。要以枝叶培养菁华，先后培育出曾国藩和左宗棠这样经世致用的菁英。由此，南菁的学术取向和课程旨归清晰地呈现出来。
　　在南菁书院，立东汉经学大师郑玄（127—200）、宋儒学集大成者朱熹（1130—1200）两位先生的木主而祭祀，正体现了中国传统学术“实事求是”治学精髓，同时也佐证了南菁书院这种超越南北和“博文约礼”的治学理念。“西学东渐”浪潮中的南菁，于清光绪二十七年十二月初八（1902年1月17日）上呈朝廷学堂课程框架，充分体现了这种办学思想。以树喻之，“礼”是树的精华，而“文”则是树的枝叶。基础教育是普及的，但也服务于优秀人才的培养。民族振兴需要培育菁华，但也决不可剪去枝叶，因为菁华就蕴含在枝叶之中。这无疑就是南菁书院文化中某些能体现的当代教育价值部分。要关注不同发展水平的学生成长，为满足特殊需要规划、设计和开发个性化课程，理直气壮地切实追求适合时代要求的教育，努力让每个学生都能享有“公平而有质量的教育”。
　　南菁育人师范：结识名师
　　道德文章，为人师表。南菁书院的创办主体为江苏学政，是两江总督管辖的学府，一时名师云集，书院山长和教习都以文化育人为己任，实施个性化的教育。在发展过程中，书院逐步形成了“忠、恕、勤、俭”的院训。清光绪十一年（1885）底，王先谦接任黄体芳为江苏学政。上任伊始，亲自撰写了《劝学琐言》，告诫学子：“为学所以明心，所以养心。人之放心，最难收束，惟读书可以制之。”倡导做人重于学问的道理，他说“经济非可空谈，人苟心术不端，意气不化，虽才美如周公，只足以作恶偾事。能由正学生正识，以实心行实事，即绝大经济也。”，还建议学子“当熟览史书，以古为鉴，至当代掌故，尤贵讨究精通，奉为准的，则道学、经济、文章一以贯之矣。”山长和讲习身先垂范，付诸实践。
　　身体力行，诲人不倦。黄以周为南菁学子留下了“实事求是，莫作调人”的训示，“令学者各取其所长，互补其所短”。吴稚晖认为，这是先生“最精警的话，古人从没有这样说过”，他告诉好友“一辈子忘不了这八个字”。黄以周还经常教育诸生做学问不要囿于一种学说，应博采众长，他以为“郑注之义理，时有长于朱子;朱子之训诂，亦有胜于郑君”。南菁名师的德行和学问对于南菁诸生的影响是终生难忘的，造就了近现代一批卓有成就的“国学名师”。翘楚如唐文治，在无锡创办“国学专修学校”时，“惟追先生之训，恒自警惕”，以此时时策勉自己。
　　南菁学风遗韵：了解诸生
　　晚清至民国，南菁是承传中华优秀传统文化的一块圣地，氤氲着自由研习的好学风。胡适曾多次提到南菁书院。1923年12月10日，他在南京东南大学作《书院制史略》的演讲时说，南菁书院“其自修和研究的精神，实在令人佩服”。
　　治学严谨，勤学成风。南菁诸生平时博览群书，勤于自学，做笔记，写心得。据清代钱崇威回忆，课卷（即大作文）每月一次，由山长命题，三天内交卷。书院还规定课生须写日记，备札记，并需按时交院长检查。其中，札记主要叙说课生的研习感悟，必须上交山长或讲习评阅;而日记则是给自己一个人看的，但也必须定期检查是否完成。即便书院后来改成学堂，仍循此规。吴稚晖当年曾因故漏写数日，院方征收日记时，他不得不补写完整后才上缴。
　　南菁诸生做读书笔记各有不同的方法。每人都有两种或两种以上的笔记。有的只是摘录观点及其出处，有的则评述成文。更用心好学者甚至分“看”“读”“杂看”“杂检”和“略看”数种体裁及内容。
　　凡看书，首尾读迄曰“看”;复读曰“读”;一书随手揭看，不能详举其目，曰“杂看”某书;并未用心看者，曰“杂检”某书;看一二篇者，曰“略看”某书。
　　自主研习，优学为师。南菁“院中有十万卷藏书”，学习环境宽松自由，教学以课生自学为主，山长、讲习指导和解惑为辅。教导诸生为学之法，贵在“静”和“专”，举一反三，活学活用，还必须有“恒”。山长黄以周及其课生吴稚晖如是言之：
　　学问必由积累，初无顿悟之方，而积累全在“静”“专”，亦无袭取之道。人有终日读书而掩卷辄忘者，病在不静;有终身读书而白首不名一艺者，病在不专。静则记性强，专则学术成。
　　夫学问之道，藏修游息，只需行之有恒，不贵进锐之功。
　　上述三字要诀被南菁诸生奉为治学圭臬。他们研究学问刻苦异常，有时甚至达到了废寝忘食的地步。大家终日相聚在一起，共同学习，潜心探讨，互质疑义，增进学问。“每当春诵夏弦，读书露坐，讨论经史疑义，滔滔辩论，得一新知，相与欢笑以为乐，不炫异而矜奇，惟实事以求是。”因仰慕对方的学行，南菁诸生相互拜师学艺，蔚然成风。如泰兴于璠、松江雷瑨执弟子礼，问学于太仓的唐文治;而唐本人则钦佩于璠讲解经学大旨，“心已器之”，“心折余言”，回执弟子礼。南菁诸生多才多艺，研习经史辞章之余，也常抒发传统文人的雅兴，喜欢以琴棋书画作为消遣。 南菁及其书院志的历史文本至今仍有现实意义。自晚清至今，南菁由书院而学堂，进而发展为高级中学和实验学校，文脉绵延，先后培养了一大批人才。