加快长三角生态绿色一体化发展示范区建设，是我国长三角区域高质量发展的重要任务。基于绿色创新战略视角，聚焦我国长三角生态效率问题，揭示长三角生态效率的地区差异和演进特征，以此提出针对性对策建议。以长三角41个城市为研究对象，以2008—2019年为观测期，利用SBM模型测度生态效率，并对无效率城市进行冗余度和不足度分析，使用Tobit回归模型识别影响生态效率的关键因素。结果显示：1)长三角地区整体生态效率较高，核密度分布主体在0.8右侧，但是整体生态效率呈波动趋势，且地区之间差距较大，两极分化相对严重，区域内有5个效率较低的资源型城市，有9个最优效率的示范城市，安徽省内中低效率城市比例占到了81.25%,高于其他省市；2)影响因素方面，地区经济发展水平、产业结构和城市规模对其生态效率有显著的正向作用，环境保护投入和对外开放水平对生态效率有显著的负向作用，科技进步水平对生态效率的影响不显著。建议加快构建长三角区域环境信息和技术资源的共享交换平台，加快生态环境标准统一、环境监测统一和环境监管执法统一；总结并推广长三角绿色一体化示范区建设的有益经验和做法，充分发挥示范区的引领和先行作用，加强示范区与追赶区之间的环境治理合作；推动传统产业高端化、智能化、绿色化，根据城市功能定位制定差异化人才引进计划；拓展协调开放格局，发挥外商投资对生态效率的提升作用，发挥政府对社会资本的引导作用，完善对绿色创新的激励机制等。