通过筛选高产色素的红曲霉菌株,探讨红曲霉菌株产色素能力以及红曲霉遗传多样性之间的相关性,以期为红曲霉更好的应用奠定基础。对41个红曲霉菌株进行固态发酵法研究其在发酵过程中产色素的能力,并结合ISSR分子标记对红曲霉以及高产色素的红曲霉菌株进行聚类分析。在产色素能力的研究比较中,41个红曲霉中的紫色红曲霉、橙色红曲霉和红色红曲霉相对于丛毛红曲霉、烟灰色红曲霉和白色红曲霉而言,具有更好的产色素能力,且紫色红曲霉相比较橙色红曲霉和红色红曲霉而言,高产红曲色素以及高产各个色素组分的能力更胜一筹,丛毛红曲霉在这6个种中产红曲色素能力最差,同种内的不同菌株产色素能力也差异显著。聚类分析结果显示,红曲霉的亲缘关系与其地理来源有一定的相关性,但种内聚类分析则显示高产色素的红曲霉菌株并不一定聚在一起。