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针对三维水声数据背景复杂、受噪声干扰严重等特点，提出一种结合三维FMF的HFCM水声数据分割算法，以提高水声数据分割的精度和效率。该算法首先选取三维滤波窗口，利用最大熵阈值法计算出模糊阈值；再结合半高斯模糊隶属度函数对水声数据进行模糊中值滤波；最后采用HFCM算法对滤波后的数据进行分割。对两组不同的三维水声数据进行分割处理的结果表明，该算法能够有效地降低噪声干扰，分割效果要优于未滤波的HFCM以及均衡FMF的HFCM分割算法，并且在分割效率上要明显优于传统的模糊C-均值算法。