当民众从惊吓中缓解过来，代之而起的是包括愤怒、悲伤等在内的集体歇斯底里式的反应，马英九身为领导人，自然必须和他的执政团队一起承受一切，用心用力地将“救灾阶段”的不满意，转为“重建阶段”的满意。但马英九的“清廉”、“(泛蓝)团结”和“(两岸关系)开放”并没有因为这次水灾受到玷污，这是马英九必须继续坚守下去的执政核心价值。
　　遭遇天灾，民众只能期待官方援助。但救灾永远都只能算是迟到，于是马英九开始背负“无能”的骂名。综合各界说法，对马英九的批评主要有以下几项：
　　其一，马英九秉性温文尔雅。统御性格不够强悍，又不擅权谋施计，一味强调“正派经营”、“廉能政府”，实不足以应急、应变、加上扁“政府”时代无官不贪、无案不弊，造成现有的文官系统，人人为求自保，“文牍主义”盛行，行政呆滞，得过且过。
　　其二，台军部队将官过去八年习于逢迎拍马、买官鬻爵、毫无危机意识和战斗能力，积弊已久：基层士兵弟兄大多为义务役士官兵，体质孱弱，只能用于物资搬运、灾区清理等劳力密集工作，他们努力付出，受灾民众其实都“足感心”(台语，感动)。
　　其三，刘兆玄“内阁”均为斯文型的学者和专家，执著于唯法是从、依法行政；大难当前，刘揆还在媒体前搬弄法条称外国航空器依法可以降落救难云云，即是典型。
　　其四，城市居民深受媒体、政治秃鹰影响，台北市捷运内湖线又频频故障，影响整体施政观感，导致民调在“外交部”拒绝外援公文事件后急速下滑。刘内阁既无法经营媒体关系于平时，又无法临阵主导转移媒体焦点，除了马英九本人以外，竟无一人能以灾区民众的语言(闽南语、排湾语、布农语、鲁凯语、邹语)与灾民搏感情，搏感情难道是马英九自己一人的事情?
　　马英九本来就不应站到第一线，但民调显示刘内阁已经失去民心，马英九已经亲自到灾区长住，建立前进指挥所现场办公。迄今为止，各方虽然认为内阁应该总辞，尽速全面改组，以切割刘内阁对马英九的伤害，设下政治停损点；可是，马英九似乎只有部分改组的迹象，未来“马刘”继续捆绑下去，马英九将在“第十八届全国党代表会议”、“立法院”下半年新会期中，因为刘被留任之故，遭到党内基层、在野党立委的强烈炮火攻击。
　　之于马英九，则需要从以下多个方面努力。在救灾之际，媒体质疑扁“政府”期间所主导的跨区引水工程是小林村灭村的原因，将来，“行政院”(或直接在“总统府”层级)应成立“八八水灾”重建委员会或类似机构，并直接纳入受灾乡民、村民和部落代表，同时公开检讨跨区引水工程决策过程与道路、桥梁、堤防工程质量等。
　　军队应持续挖掘灾区受难者遗体，甚至不惜进行考古式的挖掘，以慰灾民人心。灾区重建应与省道、县道同时另建专门通行机车与行人步道、吊桥，平日可为观光资源，灾时可以留下救命道路，并妥善维持，以备不时之需。受灾部落的个人慰问、补助经费应该有社工人员监理专账逐月提拨管理，严守公平正义，避免衍生不必要问题。
　　主动提供重建进度与足以感动人心的新闻，掌握议题主导权。其实面对这么重大的灾难，行政当局怎么做永远都不够好、不够快；如果从媒体竞争与蓝绿对立的角度来看，不难看出媒体和政治秃鹰在酿成如此巨大的政治风暴中所扮演推波助澜的角色。但是，一旦回归到疗伤止痛的问题上。如何有效运用执政优势、行政资源来挽回颓势，不仅是基于灾民的真正需要，也是未来检视马英九施政能力、领导统御执政团队的基准。对于行政资源、庞大的捐赠物资和民间捐款，曹启鸿和民进党都知道要拿来做自己的选举人情，但是在此大灾大难之际，民众不会接受这种邪念。
　　就地方政情而言影响最直接的是，今年的县市长改选以及明年直辖市长改选，这两次选举都迫在眉梢。泛绿认为“八八水灾”对杨秋兴的伤害最大，在杨秋兴和陈菊的竞争中，目前评估是从45：55打成30：70，也有地方选区立委认为顶多是打成35：65。杨秋兴最突出的问题不在救灾不力，他救灾与马英九一般的用心、用力。而是出国迟返这一件事情，在风雨中赶回高雄县以后杨秋兴低调不响应，被骂到臭头都不敢吭一句，只有埋头苦干。
　　从一些救灾细节来看，泛绿内部还是有内部矛盾，民进党高雄县党部、民进党中央、选区立委和杨秋兴县长领导高雄县政府等几套系统各自在进行救灾事宜。以物资来看，外地透过民进党县党部和选区立委捐赠进来的物资，几乎都刻意不透过县政府，捧杨秋兴的场，而是派工作人员直接送到指定地点。类似这种情形都反映了民进党内三种心态：对杨秋兴县政府的不信任、个别派系彼此相挺和救灾还要收割人情。根据过去高雄县余家班在冈山镇嘉兴里淹水的例子来看，当年高雄县的选情余家班是一片看好，唯独淹水地区票特别难拿，因此今年屏东县的曹启鸿、嘉义县的张花冠将会在灾区选得很辛苦。