产业结构演进在地区间存在较大的差异是中国在区域发展上表现出的一个典型的特征事实。区域创新系统作为一个多部门研发系统，为各国从国家、区域、部门或技术等不同层次和维度的创新政策提供了一个较为慎重和详细的框架，能够较好地满足各个地区探索创新驱动产业结构优化升级路径的需要。因此，本文旨在探讨区域创新系统对产业结构演进的影响机制，深入考察其对产业专业化分工和企业创新能力的促进作用，为完善区域创新系统以增强各个地区的创新驱动力提出政策建议。　　首先，本文分析各地区区域创新系统的运行和产业结构演进的现状和特征，以考察二者在演化时空上的关联，进而探讨区域创新系统与产业结构演进之间的联系。采用统计和回归的方法，得到二者虽然表现出阶段波动和地区差异，但是都处于上升状态，地理聚集具有空间上的重合性，依据由技术创新水平决定的产业结构高度化与区域创新系统在省份的上一致性，初步判断区域创新系统对产业结构演进具有促进作用。　　接下来，本文应用熊彼特研发多部门一般均衡模型，构建了区域创新系统影响产业结构演进的理论框架，以考察区域创新系统促进产业结构优化升级的作用机理。理论模型分析得出结论：区域创新系统通过创造性毁灭效应和促使企业掌握前沿技术，推进产业专业化分工和提升企业创新能力，最终促进产业结构优化升级。文章据此提出两个命题：（1）通过区域创新系统促进地区产业专业化；（2）通过区域创新系统提升企业创新能力促进产业结构升级。　　然后，本文对上述两个命题进行实证检验，就区域创新系统对地区产业专业化和企业创新能力的影响进行计量分析。利用中国30个省份20个行业和大中型工业企业的数据，构建动态面板数据，应用广义矩估计进行计量分析。研究结果表明“区域创新系统效率改进→促进产业专业化分工→产业结构优化”和“区域创新系统效率改进→提升企业创新能力→产业结构升级”的传导机制在区域创新系统运行效率较高的地区表现尤为显著，两种传导机制在地区之间差异较大。　　本文结合理论与实证分析得到以下三个重要结论：（1）区域创新系统的主体间知识共享机制，促使他们建立长期稳定的互信与依赖关系，有助于降低知识消化、吸收和利用中的内生交易费用，促进地区产业专业化的演化；（2）创新资源在地理上的集中增强了区域创新系统高效运行→提升企业创新能力→促进产业结构升级的传导机制的形成；（3）提高本地区域创新系统运行效率，是一个地区提高空间外溢获取能力，促进产业结构升级的重要条件。　　本文的创新点主要体现在以下三个方面：　　（1）应用熊彼特研发多部门一般均衡模型，构建了区域创新系统影响产业结构的演进的理论模型，揭示了区域创新系统促进创新，创新推动产业结构优化升级的作用机理。　　（2）从实证上揭示了区域创新系统对地区产业专业化的作用机制。基于中国省际动态面板数据的计量分析表明，无论从整体上还是东、中、西地区，区域创新系统的高效运行，对地区产业专业化演化均具有积极的作用。基于回归的不平等分解进一步表明，各地区知识生产与扩散系统运行效率的改进，有助于降低地区间专业化不平等的程度，缩小地区间专业化分工水平的差距；但科技成果转化系统效率的改进对降低地区间专业化不平等程度影响非常微小。　　（3）从实证上揭示了区域创新系统有助于提升企业的创新能力，从而促进产业结构升级的作用机制。基于中国省际动态面板数据的计量分析表明，存出“区域创新系统的高效运行，有助于提升企业创新能力，从而推动产业结构升级”的传导机制，尤其在东部地区表现较为突出，这与其近年来加快技术创新、促使产业结构升级加速的事实吻合。也正因为如此，东部地区具备了相对较高的外部知识获取能力，进一步增强这种传导机制；对于中部和西部地区而言，区域创新系统运行效率相对不高，制约了其外部知识获取的能力，空间知识外溢对“区域创新系统的高效运行，有助于提升企业的创新能力，从而推动产业结构升级”的传导机制未表现出积极的影响。