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隐孢子虫(Cryptosporidium spp.)和毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)是重要的水源性病原微生物,易通过介水传播引起区域性或世界范围内的公共卫生问题。上海市是中国人口密集的城市,其供水格局为长江原水(70%)和黄浦江原水(30%)共同供给。目前尚未有对长江原水(青草沙水库)中隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫污染情况的调查,且2013年3月在黄浦江上游暴发的“死猪丢弃事件”也让我们对黄浦江原水中死猪对水质的影响提出了质疑。为了全面了解上海市两大原水供应地中隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫(以下简称“两虫”)的存在情况,污染来源以及是否具有潜在致病性等特征,本课题共采集了黄浦江原水样品178份,青草沙原水样品32份。所有原水样品都采用碳酸钙絮凝的方法进行病原的浓缩,进一步分别基于SSU rRNA或内部转录间隔区(ITS)的巢式PCR结合测序的方法鉴定隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫的阳性率及其虫种或基因型。在178份黄浦江原水样品中,共发现隐孢子虫阳性样品67个(37.6%),毕氏肠微孢子虫阳性56个(31.5%)。在5个不同的采样时间点上,第1批(2013/03)原水样品中隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫的阳性率(83.3%和41.7%)和第2批(2013/05)原水样品中的阳性率(73.5%和44.1%)都显著高于后3批(2013/10,2014/01,2014/03)原水样品中两虫的阳性率。通过基因分型,共检出13个隐孢子虫虫种/基因型,安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni)和猪隐孢子虫(C. suis)为最主要的虫种,分别在38和27个样品中检出。毕氏肠微孢子虫基因型共检出17个,包括11个已知基因型:EbpC, EbpA,D,CS-8,PtEb Ⅸ,Peru 8,Peru 11,PigEBITS4,EbpB,G,O和6个新基因型：RWSH1到RWSH6。其中大多数毕氏肠微孢子虫基因型属于猪适应性进化组Groups1d和1e。EbpC在37个样品中被检出,是最主要的毕氏肠微孢子虫基因型。基因分型结果显示,死猪尸体对当时黄浦江上游水质造成了较为严重的隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫污染,虽然多数的隐孢子虫不具备对人的致病性,但大量的毕氏肠微孢子虫为人兽共患基因型,需引起相关部门的注意并提高对其的防控力度。相反,在32份青草沙原水样品中,仅发现隐孢子虫阳性样品1个(3.1%),虫种类型为安氏隐孢子虫(C. andersoni);毕氏肠微孢子虫阳性2个(6.2%),基因型分别为I和PtEB Ⅸ。整体上青草沙原水中两虫的污染程度较低,且对公共健康带来的风险不大。本研究结果为上海市未来饮用水发展战略及相关供水部门在突发性水体污染事件时,制定措施以保证公众饮水安全上提供了可靠依据。