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随着知识经济成为推动世界经济发展的主要动力,知识创新日益成为我国产业转型升级和增强城市竞争力的重要途径。作为中国改革开放最前沿的珠三角与长三角,高新技术产业集聚为知识创新提供了重要载体,知识溢出又反过来促进两地区高新技术产业集聚。高新技术产业集聚的知识溢出能加快区域经济发展方式转变、提高区域知识创新效率和促进区域协调发展,其研究成为当下政府、社会和学界关注的热点问题。本文结合知识溢出和高新技术产业集聚相关理论,建立高新技术产业集聚的知识溢出效应研究框架,运用GIS技术对珠三角与长三角的高新技术产业集聚的演化过程进行分析,通过空间自相关检验分析其知识溢出,并且以知识生产函数为基础,建立空间计量模型,对高新技术产业集聚的知识溢出效应进行实证分析,得到以下结论:(1)珠三角与长三角的高新技术产业集聚在全国领先,但演化过程有所区别;深圳和上海分别在各自区域处于绝对的高集聚水平,导致两地区知识创新重心位于地理中心的东方,珠三角高新技术产业集聚程度逐年加强,长三角则呈现出先向集聚后分散的状况。(2)珠三角和长三角高新技术产业知识创新资源投入集中在各自的核心地区,但是知识溢出方式不同;珠三角知识溢出形成了鲜明的“中心—边缘”分布,长三角则形成两条“知识溢出带”。(3)两地区的知识创新均向经济距离小的城市溢出,以经济距离建立的空间权重矩阵的空间误差模型效果最好。(4)两地区高新技术产业集聚的知识溢出效应都为正向显著,长三角的知识溢出效应优于珠三角,但MAR外溢效应以及Porter外溢效应都不显著,高新技术产业集聚产生拥挤效应,“压制”知识创新。(5)珠三角的R&D人力资本投入对知识创新的影响为正向最大,长三角R&D资金投入对知识创新的影响为正向最大,珠三角的外商R&D投资对知识创新的影响为负向最大,“挤出”知识创新。根据以上实证结果,本文提出几点促进两地区高新技术产业集聚的知识创新及其溢出的建议:强化区域知识创新的空间联系;优化R&D人才对区域知识创新的贡献;加强R&D资金投入和优化R&D资金结构;处理好高新技术集聚和区域知识创新的平衡。