病毒病的发生和危害是影响我国落叶果树产业发展的重要因素,病毒种类鉴定、检测及序列分析可为这类病害的发生规律和防治技术研究提供理论依据。本研究在高通量测序的基础上,对侵染海棠的柑橘叶斑驳病毒（Citrus leaf blotch virus,CLBV）和侵染猕猴桃的猕猴桃黄化环斑病毒（Actinidia yellowing ringspot virus,AYRSp V）的分子特性和猕猴桃上这两种病毒的侵染状况进行了研究。主要研究结果如下:（1）通过lncRNA测序结合RT-PCR扩增,从河南信阳的海棠中获得了CLBV的3个分子变种,并首次测定了CLBV海棠分离物的全基因组序列。序列分析结果显示,CLBV的3个分子变种的Rd Rp和CP的核苷酸序列与已报道分离物的相似性分别为73.2%-88.3%和72.1%-93.9%,编码的氨基酸序列的相似性分别为79.3%-98.0%和78.5%-97.8%。采用RT-PCR方法对8个省（市）的213份猕猴桃田间样品进行了检测,结果显示CLBV的检出率为16.0%。（2）通过小RNA测序结合RT-PCR扩增,从江西宜春的中华猕猴桃中获得了AYRSp V的2个分离物并测定了全基因组序列。对重庆、江西、广西、湖北、和福建5省（市）82份猕猴桃田间样品进行RT-PCR检测,AYRSp V的检出率为15.9%。通过特异性引物设计和RT-PCR扩增,获得了AYRSp V 9个分离物的CP序列,其全长均为666 nt,核苷酸序列和氨基酸序列与AYRSp V-Meixian的相似性分别为92.6%-100%和93.2%-100%,结果看出AYRSp V不同分离物的CP序列变异较小。本研究测定了CLBV的3个分子变种和AYRSp V的2个分离物全基因组序列,建立了这两种病毒的RT-PCR检测技术,并测定了不同猕猴桃产区的田间样品中CLBV和AYRSp V的带毒率,研究结果为深入了解我国猕猴桃病毒的分子生物学特性提供了新的有用信息。