随着我国改革开放的不断深入和市场经济体制改革不断向纵深发展，以中国航天科技集团公司所属的科研院所为代表的关系国家战略安全的军工科研事业单位会计制度难以符合新时期的要求。保姆式的科研生产和不计成本的结算方式难以准确反映单位的经济规模、经营状况和现金流量情况。穷则变，变则通，党中央、国务院、中央军委等从宏观层面提出了此类单位进行企业化转制改革的战略意图。纵观国内外理论研究文献成果，对由执行事业财务会计制度转向执行企业财务会计制度过渡过程中的财务会计问题研究论述和观点，几乎很少看到此方面的研究成果和理论支持。本文以航天科研院所执行的财务会计制度为切入点分析了军工科研事业单位财务会计制度的缺陷和不足，在诸多方面已不适应军工科研单位的管理要求，然后对现行的两种财务会计制度多个方面进行比较，分析了两者相同和差异之处。根据经济业务的实质和事业单位特有经济活动事项，对军工单位科研院所在转制过程中的两种财务会计制度差异提出了解决方法和对策，明晰工作流程和实施步骤。从而为航天科研院所向企业转制中在推动体制改革时提供系统性、前瞻性的配套措施，特别是为航天科技集团所属的科研院所等事业单位在今后执行《企业会计制度》时提供制度上和实务上的操作准备。