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不同类型的猪种生长速度和骨骼肌表型差异很大。本研究以通城猪（脂肪型）、长白猪（瘦肉型）和五指山猪（小型猪）成年期骨骼肌作为研究对象，探索不同猪种间骨骼肌发育产生差异的分子机制。利用MeDIP-seq技术分析比较不同猪种成年期骨骼肌的甲基化图谱，分析甲基化对不同猪种骨骼肌发育的调控影响。利用RNA-seq技术分析不同猪种间成年期骨骼肌的基因表达图谱，分析不同猪种间基因的差异表达模式，筛选鉴定不同猪种间成年期骨骼肌的差异表达基因。结合MeDIP-seq和RNA-seq的数据，分析甲基化对不同猪种骨骼肌发育基因的表达调控，进一步研究甲基化对猪骨骼肌的调控机制。同时利用亚硫酸盐测序（BSP）和实时荧光定量PCR（QPCR）的方法对高通量测序的结果进行试验验证。MeDIP-seq分析结果表明，通城猪、长白猪和五指山猪分别有38,327,405（62.6%）、41,130,862（67.18%）、38,431,456（62.77%）个reads可以比对上猪参考基因组（Sscrofa10.2）的唯一位置，基因组范围内染色体的甲基化程度和染色体的长度成负相关（P=0.001），和基因密度和重复元件密度成正相关（P <0.05）。唯一比对上的reads主要分布在重复元件和内含子区域，reads在重复元件区域的分布主要集中在SINE/tRNA-Glu和LINE/L1两个元件上。通城、长白和五指山猪分别有8.35%，10.06%和8.79%的CpG岛是甲基化的。不同猪种相比较，通城猪和长白猪之间有5437个基因差异甲基化，通城猪和五指山猪之间有5031个基因差异甲基化，长白猪和五指山猪之间有5884个基因差异甲基化，这其中有2203个基因在三个猪种间均有差异甲基化区域。差异的甲基化区域主要分布在CDS和内含子区域。Ssc-mir-21和Ssc-mir-127在三个猪种间存在差异甲基化区域。三个猪种共同的差异甲基化基因的KEGG pathway分析表明，这些差异基因显著富集在磷酸肌醇代谢、血管平滑肌收缩、磷脂酰肌醇信号系统等信号通路（P <0.05）。BSP测序结果和MeDIP-seq测序结果是一致的，说明MeDIP-seq测序结果是有效的。RNA-seq分析结果表明，通城、长白和五指山猪测序获得的reads分别有6,340,537（54.16%）、6,490,599（55.57%）和6,853,339（55.79%）个可以匹配上参考基因（Sscrofa10.2）唯一位置上。通城猪和长白猪相比较有43个基因差异表达，通城猪和五指山猪相比较有92个基因差异表达，长白猪和五指山猪相比较有145个基因差异表达。有4个基因在三个猪种间均差异表达，包括PDK4，UCP3，GLUL，NREP。基因表达聚类分析表明，与五指山猪相比，通城猪和长白猪之间在全基因组范围内有更加相似的基因表达模式。GO和KEGG pathway分析表明，这些差异基因在与肌肉发育和脂肪酸代谢相关的生物学进程和信号通路上显著富集（P <0.05）。筛选与肌肉发育相关的基因对RNA-seq结果进行实验验证，结果表明qPCR的结果和RNA-seq的结果相关系数达到0.871（P <0.01），证明RNA-seq测序结果是有效的。MeDIP-seq和RNA-seq结果的联合分析表明，通城和长白猪相比有8个差异甲基化和表达基因，通城和五指山相比有23个差异甲基化和表达基因，长白和五指山相比有50个差异甲基化和表达基因。这些差异基因可能是受到甲基化调控与猪肌肉生长发育相关的基因。