新三板市场是我国多层次资本市场中重要的组成部分,2016年6月,新三板实施了以创新层为核心的分层制度,即通过一定的标准选出优质企业组成创新层,期望可以改善市场中匮乏的流动性。但是新三板市场流动性匮乏的问题愈加严重,并未因为分层制度的实施而有所改善。本文在新三板分层制度实施的背景下,通过理论与实证相结合的研究方法,探究创新层内股票流动性的影响因素,进而依据本文的研究对新三板分层制度以及流动性的改善提出参考建议。本文主要从市场政策因素和企业基本面因素两个方面入手,分析不同的因素对于创新层股票流动性的影响。其中,在市场政策制度方面,结合创新层的实际情况,通过理论研究后发现市场投资者的准入门槛并没有因为分层制度的实施而实现差异化的管理,这在很大程度上抑制了市场投资者数量的增加,从而阻碍了流动性的提高。除此以外,市场中的交易制度、信息披露制度的差异化管理也不够合理与完善,转板制度的不合理以及监管制度的不完善都阻碍了市场流动性的提升。在企业的基本面因素方面,除了理论分析外还采用多元线性回归分析的实证研究方法,选取2016年到2019年间新三板创新层企业的交易数据进行实证研究,对研究结果进行整理和分析后发现,创新层企业业绩对股票流动性影响不显著,但是企业规模、企业做市商的数量以及企业股权结构等因素对创新层企业股票流动性的影响显著。最后,根据上述分析得到的结论,为达到改善市场流动性的目的,从市场政策制度、创新层企业基本面以及市场投资者三个层面,结合全国中小企业股份转让系统最新发布的分层制度改革措施,为新三板市场分层制度以及流动性的改善提出具有实际参考意义的建议。