“新常态”背景下,我国政府提出产业结构调整、供给侧结构性改革等一系列经济政策,引导我国经济转型升级。在这一过程中,为企业减税降费无疑是加快企业转型升级的重要途径。由于新三板挂牌企业以创新型、成长型的中小企业为主体,且我国中小企业占企业总数的90%以上,因此,本文以新三板挂牌企业为对象研究税费负担对企业升级的影响具有重要意义。本文运用主成分分析辅助的突变级数法测度企业升级的综合指标,发现:（1）目前新三板挂牌企业总体升级水平亟待提升,其中企业创新能力较低,成长能力较好;（2）我国国民经济基础性行业的发展并不协调,在经济转型期间愈显重要的行业升级水平较为一般;（3）发达地区和国有企业的升级水平高于其它企业,但国有企业在成长能力方面稍逊于非国有企业;（4）享受财税优惠政策扶持及纳税遵从度高的企业升级水平较高;（5）存在行业垄断和产能过剩的企业升级水平较低。通过实证研究税费负担对企业升级的影响,本文得出以下结论:（1）总体税费、间接税费和直接税费均对企业升级水平有显著负效应,且间接税费的负效应大于直接税费;（2）总体税费负担对企业创新能力并无显著抑制性作用,但与企业成长能力呈负相关关系。不同税费对企业创新能力、成长能力的影响有所不同:直接税费中的所得税费对企业创新能力负效应较大,但其与企业成长能力呈正相关;（3）从其它影响因素来看,产能过剩和垄断程度高、偿债能力低等都不利于企业的转型升级。基于以上结论,为提高企业升级水平,本文提出如下政策建议:其一,逐渐调整税制结构,增大直接税比重;其二,加大对企业创新活动的财税优惠力度;其三,加强对落后国民经济基础性行业的财政扶持,适度降低战略型新兴产业所得税税率;其四,提高资源税、环保税、消费税税负,倒逼落后产能加快淘汰;其五,对垄断行业引进创新绩效考核机制,激发企业创新活力;其六,加强财税政策宣传引导力度,提高企业纳税遵从度。