该文对国内外关于科研评价的理论及应用现状做了简要的回顾,对科研评价所具有的经济和社会意义进行了详细的阐述,说明了基于投入产出分析的科研评价方法的重要意义,指出现有的科研评价的理论和方法的一些不足之处.该文提出在投入产出分析的框架内研究科研评价问题,选择合适的数学模型,使评价结果更能体现公正原则和效率原则.该文主要的研究内容包括三个方面:一是基于数据包络分析(DEA)模型的理论和方法,建立可以处理具有边际收益递增特性的数据包络分析(E-DEA)模型的理论;二是给出基于投入产出分析的科研评价理论的模型和方法,在评价模型中使用改进了的E-DEA模型作为主要的数学工具,模型既考虑产出指标,也考虑投入指标;既反映绩效水平,也反映绩效的产出效率以及成本投入的规模有效性;同时模型能很好地体现公正原则和效率原则;三是通过实证研究证明所提出的理论和方法的合理性.该文分析了传统的DEA模型的有关假设,说明传统的DEA模型不适合边际收益递增特性的投入产出分析的理由,通过理论分析和实际数据,说明边际收益递增现象在生产领域和科研评价领域的存在性.现有的DEA模型理论有着完整的数学分析理论,所以该文把对具有边际收益递增特性的投入产出分析模型的求解,通过数学变换的手段,转换为传统的DEA模型的求解.该文给出具有边际收益递增特性的生产可能集的前沿面数学描述,按照传统DEA模型生产可能集的公理体系的建立方式,给出新模型的生产可能集的公理系统描述;给出关于生产可能集的数学变换原理,把不具有凸性的生产可能集合变换为满足凸性要求的生产可能集合,从而可以使用已有的DEA理论,最后通过数学反变换,求解生产可能集合的前沿面.该文提出在已有的评估方法求得各评价单元评估结果的基础上,结合E-DEA模型的求解结果,对评估结果进行合理的修正,使得修正后的结果具有考察不同投入规模单元之间产出绩效的比较分析功能.该文使用中国部分大学有关科研成果和科研经费等统计数据,做大学科研绩效评估及排名的应用研究.