从2008年开始进行的中央大部制机构改革探索,到2013年大部制机构改革的稳步推进,公路、铁路、水运、航空、邮政等都已归口交通运输部一家管理,中央政府“大交通”的格局已基本形成。在地方政府层面,机构改革存在一定的滞后性,一些应划转到交通运输部门的职责仍没有划转,如联系铁路部门的职责、联系航空机场等部门的职责。在交通运输部门内部,大部制改革也只是机构简单的相加,没有优化机构设置,形成职能、机构、人员、文化的融合,仍然存在机构重叠、职能交叉,政事不分、事企不分,机构编制分配不合理、不合法,人力资源结构严重失衡、不适应交通运输事业发展等问题。本文探讨在大部制改革和事业单位分类改革的背景下,交通运输部门如何推进综合改革,将行政单位机构改革与事业单位分类改革整体规划、统筹安排、同步推进,优化职能配置和机构设置,合理确定各单位的内设机构及人员编制,完善人力资源管理制度,提高交通运输部门公共服务的质量和水平。本文采用了文献研究法、实地调查法、比较研究法、访谈法等社会研究方法,运用政府职能转变理论、顶层设计理论、组织流程再造理论、行政效能理论,分析了交通运输部门综合改革存在的问题及其原因,提出了完善当前市县交通运输部门的综合改革的具体措施：一是要切实转变政府职能,减少和下放行政审批事项,简化流程,提高行政效率；二是要优化部门内部结构,做到职责明确、分工合理、机构精简,决策、执行、监督相互分离相互制约相互协调；三是科学制定机构改革“三定方案”,合理配置人力资源,改变当前人员编制不切实际的问题；四是加强机关事业单位人力资源管理,完善人才激励机制,优化人才结构,不断提高交通运输部门干部队伍的综合素质和行政管理能力,为社会提供优质、高效的公共服务。